R 圆和弦图

Question

我正在学习如何在 R 中创建圆形图，类似于 CIRCOS 我使用包 circlize 根据航班是否为 OB、Inbound 和 Return 来绘制出发地和目的地对之间的链接。数据的逻辑并不重要，它只是一个玩具示例

我已经根据下面的代码使情节工作，该代码基于以下逻辑工作

1. 获取我的数据，将目的地列与航班类型结合起来
2. 转换为矩阵并将原点和新列输入 circlize

Reference

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
direc = c("IB","OB","RETURN","DOM","OB","DOM","IB","RETURN","IB")
mydf = data.frame(orig, dest, direc)

# Add a column that combines the dest and direction together
mydf <- mydf %>%
  mutate(key = paste(dest,direc)) %>%
  select (orig, key)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

我非常喜欢这个情节，但想稍微改变一下。例如，FI（即芬兰）在图 FI IB、FI OB 和 FI 上有 3 个测量值。如果可能的话，我想将它们全部组合在 FI 下，并使用配色方案、箭头甚至添加一个额外的轨道来区分三种类型的航班，作为 IB OB 和 RETURN 航班的保护伞

例如，

• FI OB 将放置在 FI 中，但有一个指向 GB 的单向箭头来表示 OB
• FI IB 将放置在 FI 中，但有一个指向 FI 的单向箭头
• FI RETURN（如果存在）会有一个双箭头

谁能帮忙，有没有人见过类似的事情？ 最终结果应该只显示地图上的国家/地区，以便人们可以快速查看哪些国家/地区的航班数量最多

我曾尝试关注other posts，但我担心当他们转向更高级的东西时我会迷路

非常感谢您的宝贵时间

Answer 1

首先，我认为您的数据中有重复记录 (IE-FI-IB)。

我先附上代码和图再稍微解释一下。

df = data.frame(orig, dest, direc, stringsAsFactors = FALSE)
df = unique(df)
col = c("IB" = "red",
        "OB" = "blue",
        "RETURN" = "orange",
        "DOM" = "green")
directional = c("IB" = -1,
                "OB" = 1,
                "RETURN" = 2,
                "DOM" = 0)
diffHeight = c("IB" = -0.04,
                "OB" = 0.04,
                "RETURN" = 0,
                "DOM" = 0)
chordDiagram(df[1:2], col = col[df[[3]]], directional = directional[df[[3]]], 
    direction.type = c("arrows+diffHeight"),
    diffHeight = diffHeight[df[[3]]])

legend("bottomleft", pch = 15, legend = names(col), col = col)

首先你需要使用 circlize 的开发版本 您可以通过

安装它

devtools::install_github("jokergoo/circlize")

在这个新版本中，chordDiagram() 支持将输入变量作为数据框并为链接绘制双头箭头（在阅读您的帖子之后:)）。

在上述代码中，col、directional、direction.type 和 diffHeight 都可以设置为与df 中的行相对应的向量。

当chordDiagram() 中的directional 参数设置为2 时，对应的链接将有两个方向。那么如果direction.type包含箭头，就会有一个双头箭头。

由于diffHeight 是与df 中的行相对应的向量，如果您想通过箭头和根的偏移量来可视化单个链接的方向，您需要将这两个选项合并为单个字符串如示例代码"arrows+diffHeight"所示。

默认情况下，链接的方向是从第一列到第二列。但是在您的情况下，IB 表示反转方向，因此我们需要将 diffHeight 设置为负值以反转默认方向。

最后，我观察到您的链接在同一个扇区开始和结束（ES-ES-DOM 和US-US-DOM），您可以使用self.link 参数来控制如何表示这种自链接。下图中self.link设置为1。

Answer 2

您是否需要箭头，因为图表中的颜色编码已经告诉 From / To 故事（FROM -> 颜色边缘 FROM COUNTRY，TO 是 FROM COUNTRY 到达 TO COUNTRY 的颜色，IF FROM == TO它自己的颜色在其自己的基础上返回（例如，参见 US 或 ES））。

library(dplyr)
library(circlize)

# Create Fake Flight Information in a table
orig = c("IE","GB","US","ES","FI","US","IE","IE","GB")
dest = c("FI","FI","ES","ES","US","US","FI","US","IE")
mydf = data.frame(orig, dest)

# Create a Binary Matrix Based on mydf
mymat <- data.matrix(as.data.frame.matrix(table(mydf)))

# create the objects you want to link from to in your diagram
from <- rownames(mymat)
to <- colnames(mymat)

# Create Diagram by suppling the matrix 
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mymat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

顺便说一句 -> 边缘上还有一个偏移量差异，表明它是 FROM（较宽的边缘）还是 TO（较小的边缘）