R：用图像作为标签圈出和弦图？答案

【问题标题】：R: circlize chord diagram with images as labels?R：用图像作为标签圈出和弦图？
【发布时间】：2017-11-03 00:32:08
【问题描述】：

是否可以将图像放置在 circlize chordDiagram 的标签所在的位置？

例如，我手动将各大洲的 SVG 轮廓放在标签上。我想知道是否有一种编程方式来实现这一点。

这是一个入门示例，我希望能够添加图像标签。请注意，circlize 网站上有一个示例似乎可以执行我 want 的操作：

但我不能把它和这个例子结合起来：

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)
chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5)

【问题讨论】：

标签： r graphics chord-diagram circlize

【解决方案1】：

在您的示例中，您需要在圆外最多创建一个空轨道，然后返回到该空轨道添加光栅图像。

在以下示例中，preAllocateTracks 参数用于定义应放置多少个空轨道。关于这个论点的更多解释，请参考：http://zuguang.de/circlize_book/book/advanced-usage-of-chorddiagram.html#organization-of-tracks

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)

library(png)
tmp = tempfile()
download.file("https://www.google.de/images/branding/googlelogo/1x/googlelogo_color_272x92dp.png", tmp)
image = as.raster(readPNG(tmp))
ratio = ncol(image)/nrow(image)

chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5,
    preAllocateTracks = 1)

circos.track(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
    xcenter = get.cell.meta.data("xcenter")
    ycenter = get.cell.meta.data("ycenter")

    pos = circlize:::polar2Cartesian(circlize(xcenter, ycenter))

    rasterImage(image, 
        xleft = pos[1, 1] - 0.05*ratio,
        ybottom = pos[1, 2] - 0.05,
        xright = pos[1, 1] + 0.05*ratio,
        ytop = pos[1, 2]+ 0.05)
}, bg.border = NA)

也可以旋转图像以使其面向圆心，但并不容易，因为rasterImage() 有一个angle 参数允许旋转图像，但旋转是相对于左下角的图像而不是图像的中心。

编辑：我在包（版本> = 0.4.1）中添加了一个新函数circos.raster()，这使得添加光栅图像更容易。

【讨论】：