使用 igraph 导入加权边缘列表答案

【问题标题】：Import weighted edgelist using igraph使用 igraph 导入加权边缘列表
【发布时间】：2012-10-13 15:16:50
【问题描述】：

我有以下 txt 文件，以 edgelist 格式表示网络。

前两列代表通常：哪个节点连接到其他节点

第三列代表权重，代表每个节点联系对方的次数。

我搜索了igraph 文档，但没有提到在导入 txt 等标准文件格式时如何包含权重参数。

可以从here 访问该文件，这是我一直在使用的代码：

read.graph("Irvine/OClinks_w.txt", format="edgelist")

此代码将第三列视为重量以外的其他内容。

有人知道解决办法吗？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

以下是否会造成过多的烦恼？

g <- read.table("Irvine/OClinks_w.txt")
g <- graph.data.frame(g)

如果确实如此，则直接从您可以使用的文件中使用

g<-read.graph("Irvine/OClinks_w.txt",format="ncol")
E(g)$weight

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您使用 Python 和 igraph，以下代码行可以导入权重和顶点名称：

g1w=Graph.Read_Ncol("g1_ncol_format_weighted.txt",names=True)

注意：你必须告诉 igraph 读取带有names=True 的名称属性，否则只会导入顶点编号。

g1_ncol_format_weighted.txt 看起来像这样：

A B 2
B C 3

为确保导入正常工作，请使用以下行：

print(g1w.get_edgelist())
print(g1w.es["weight"])
print(g1w.vs["name"])

【讨论】：