将矩阵转换为加权边缘列表时缺少边缘值（使用 igraph）答案

【问题标题】：Missing edge values when converting matrix to weighted edge list (using igraph)将矩阵转换为加权边缘列表时缺少边缘值（使用 igraph）
【发布时间】：2021-11-22 04:51:27
【问题描述】：

我正在将一个矩阵对象（其中每个节点代表一个国家）转换为一个数据框对象，这样前两列是连接边的两个节点，第三列是边值（或属性）。我的矩阵的维度是 161 x 161，所以生成的数据框应该包含 161*161 = 25,961 行。但是，以下代码只能生成 19,628 行，我想知道这里发生了什么？如果有人能对此有所了解，我们将不胜感激。

# load data
sim <- readRDS(url("https://www.dropbox.com/s/veyjr8mdi1u6g6h/sim.rds?dl=1"))

# load igraph package and use the graph.adjacency() function

# first try with a minimal example

myAdjacencyMatrix <- matrix(runif(100),nc=10,nr=10)
g  <- graph.adjacency(myAdjacencyMatrix,weighted=TRUE)
df <- get.data.frame(g)
dim(df)
[1] 100   3

# now repeat the same procedure on sim data

g1  <- graph.adjacency(sim,weighted=TRUE)
df1 <- get.data.frame(g1)

dim(df1)
[1] 19628     3

【问题讨论】：

标签： r dataframe matrix igraph

【解决方案1】：

当您检查sim 的值时，您会看到有6293 零，这些零在转移到图形表示时会被跳过。

> ecount(g1)
[1] 19628
> length(sim)
[1] 25921
> sum(sim==0)
[1] 6293

【讨论】：

非常感谢您澄清这一点。