【问题标题】：Overlapped data with messed up axises using facet_grid in R在 R 中使用 facet_grid 的重叠数据与混乱的轴
【发布时间】：2019-08-28 05:45:03
【问题描述】：

我正在使用分面网格来生成我的数据的简洁表示。基本上，我的数据框有四列：

idx、密度、标记、大小写。

有5个case，每个case对应5个marker，每个marker对应多个idx，每个idx对应一个密度。

数据上传到这里： data frame link

我尝试使用 facet_grid 来实现我的目标，但是，我得到了一个非常混乱的图表：

x轴和y轴打乱了，代码是：

library(ggplot2)
library(cowplot)
plot.density <-
  ggplot(df_densityWindow, aes(x = idx, y = density)) +
  geom_col() +
  facet_grid(marker ~ case, scales = 'free') +
  background_grid(major = 'y', minor = "none") + # add thin horizontal lines
  panel_border() # and a border around each panel
plot(plot.density)

编辑：

我重新上传了文件，现在它应该可以工作了： download file here

【问题讨论】：

你能显示str(df_densityWindow)吗？ x 和 y 是某种因素吗？
坐标轴表示您的输入变量 ids 和 density 被读取为不同的分类值，而不是连续数据。所以ggplot 尝试标记每个变量。正如其他评论员所评论的那样显示您的数据框的结构，但我怀疑这个问题部分与您加载数据的方式有关。此外，您链接到的文件在我的计算机上是空的。
@MrGumble 感谢您的评论！我添加了一个新链接，现在应该可以使用了！

标签： r ggplot2 facet-wrap facet-grid

【解决方案1】：

所有 4 列都被视为因子。这是一个问题，因为您将数据加载到 R 中。看看：

df <- readRDS('df.rds')
str(df)
'data.frame':   52565 obs. of  4 variables:
 $ idx    : Factor w/ 4712 levels "1","10","100",..: 1 1112 2223 3334 3546 3657 3768 3879 3990 2 ...
 $ density: Factor w/ 250 levels "1022.22222222222",..: 205 205 204 203 202 201 199 198 197 197 ...
 $ marker : Factor w/ 5 levels "CD3","CD4","CD8",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ case   : Factor w/ 5 levels "Case_1","Case_2",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

好消息是您可以通过以下方式修复它：

df$idx <- as.integer(as.character(df$idx))
df$density <- as.numeric(as.character(df$density))

尽管您应该研究如何加载数据，以避免将来发生。

作为另一个技巧，不使用as.character调用尝试上面的代码，并比较差异。

【讨论】：

【解决方案2】：

正如MrGumble 已经解释的那样，idx 和density 变量属于类型因子，但应绘制为数字。

type.convert() 函数一次性完成数据转换：

library(ggplot2)
library(cowplot)
ggplot(type.convert(df_densityWindow), aes(x = idx, y = density))    + 
  geom_col() + 
  facet_grid(marker ~ case, scales = 'free') +
  background_grid(major = 'y', minor = "none") + # add thin horizontal   lines 
  panel_border() # and a border around each panel

【讨论】：