从 glm glht 函数中提取原始 p 值（而不是 Tukey 调整后的 p 值）

【问题标题】：Extracting raw p-values from glm glht function (instead of Tukey adjusted p-values)从 glm glht 函数中提取原始 p 值（而不是 Tukey 调整后的 p 值）
【发布时间】：2018-10-29 04:34:03
【问题描述】：

我得到了下面的代码，并被要求提取原始 p 值而不是 Tukey 调整值（因为我们将在稍后阶段使用 Homes-Bonferroni 调整多重比较），但我不确定是什么将“Tukey”替换为（我是使用 R 的新手）.....

        res=glht(x, linfct=mcp(Letter="Tukey")
        out=summary(res)
        out

【问题讨论】：

标签： glm p-value tukey

【解决方案1】：

我找到了答案。对于其他感兴趣的人... multcomp 包中 glht 函数的“Tukey”选项实际上并不使用 Tukey 校正，它只是设置所有成对比较。它不做 p 值；为此，您需要summary.glht。要获取原始 p 值，请使用 test=adjusted("none")。

res=glht(x, linfct=mcp(Letter="Tukey")
   out=summary(res, test = adjusted("none"))
   out

【讨论】：