ggtree改变半径比例

Question

我正在尝试使用 ggtree 创建系统发育树。我在调整树的中心大小时遇到​​问题，以便边缘上代表我的序列的符号不重叠并增加半径以使分支长度不那么长。任何有关如何执行此操作的建议或提示将不胜感激。 提前致谢！

我正在使用以下脚本来创建树...

ggtree(PhyMLAATree, layout = "circular") + 
    geom_tippoint(aes(x=x+.01), shape=Shape, fill=Fill, size=3)

这两张图片显示了我正在创建的内容以及我正在尝试创建的内容。 树看起来如下：

希望最终的树看起来更像这样，中心更大：

我已尝试分配具有更多空间的设备，但我在树上得到相同的比例（quartz(width=12, height=12)

Answer 1

这可以通过指定xlim 和layout = "circular" 来完成，如下所示：

nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)

library(ggtree)

ggtree(tree, layout = "circular") +
  geom_tippoint() +
  geom_tiplab2(offset = 7) +
  xlim(-150, NA)

如图 4.3 中in the ggtree documentation 所述。使用xlim 值来改变中心的直径。