使用点将尖端标签链接到系统发育树并修复过度拥挤的尖端标签答案

【问题标题】：Link tip labels to phylogenetic tree using dots and fix overcrowded tip labels使用点将尖端标签链接到系统发育树并修复过度拥挤的尖端标签
【发布时间】：2015-01-27 19:54:36
【问题描述】：

我正在尝试使用 Rstudio 中的 ape 和 phytools 包进行祖先重建。我的问题是，在我的系统发育树中，尖端标签/物种名称过于拥挤且难以辨认。目前，我的树有 262 个物种的数据集。

可以在此处找到数据的示例nexus file。

我目前制作的祖先重建树在这里：http://i.imgur.com/WFoEu7S.png。

每个物种的字符状态为 0 或 1，并具有针对每个状态的节点和尖端标签。最终我想用它们各自的字符状态（我有红色或黑色）为分支着色。

理想情况下，我希望生成一个类似于前面关于堆栈溢出问题in this link here 的非超度量树。

我已尝试为我自己的树实现此链接中的 R 代码，但收效甚微。

以下是我在 R 中的代码。我仍在学习 R，并且不熟悉某些绘图方法，并怀疑这可能是这里的问题：

tree = read.nexus("test_nexus")
dichot_tree = multi2di(tree) 

dichot_tree$edge.length<-runif(n=nrow(dichot_tree$edge),min=0,max=1)

dichot_tree$edge.length[dichot_tree$edge.length<1]<-1
domest = read.nexus.data("test_nexus")    

aceDISCRETE<-ace(as.numeric(domest), dichot_tree, type="discrete")

plot(dichot_tree, cex=0.5, label.offset=1, no.margin=TRUE)
tiplabels(pch=22, bg=as.numeric(domest),cex=1, adj=1)
nodelabels(pie=aceDISCRETE$lik.anc, piecol=c("black", "red"), cex=0.25)

【问题讨论】：

请使用示例输入数据创建一个reproducible example。我们无权访问您的“test_nexus”文件，因此我们无法运行代码来查看它的作用。
我很抱歉。这是一个类似的例子nexus file - 我试图模拟的树的尖端标签使用点垂直对齐在页面边缘，可以在这里看到：i.stack.imgur.com/y31Bg.png。
进度更新：我已经使用上一个示例中的 Flicks 先生出色的代码，成功地将提示标签垂直和向左放置了灰色间隔点！我仍然不确定它是如何工作的，但我稍后会花时间将其停下来。这是我做的：i.imgur.com/Oi186eJ.png现在的问题是过度拥挤的物种标签
你试过让你的情节更高吗？我不确定你还想做什么。你有很多标签。
嗨 MrFlick，实际上是的，这就是我想要做的，但我现在不知道该怎么做。我在 mac 上也遇到了 quark() 的问题。总的来说，我不知道如何使情节更高或将系统发育分成几个部分以提高可见性。

标签： r plot tree phylogeny

【解决方案1】：

有几种可能的方法可以使提示标签更具可读性。首先，您可以减小字体大小（这将是绘图函数的 cex 参数）。其次，您使用的是 RStudio，看起来您当前的绘图区域为正方形。您可以调整不同的面板以使绘图区域成为一个非常高的矩形，当您绘制它时会扩展您的树。或者，您可以创建一个外部绘图区域（我使用windows()，您可以指定高度和宽度。）或者，在 RStudio 中保存绘图时，您应该能够更改输出高度/宽度/纵横比。你应该也可以在这里让它更高。

【讨论】：