对数据子集的多次邓恩测试

Question

我想对我的数据进行总共 4 次 Dunn 测试，其中的四个子集是虚拟数据，其中 grp 是我用于 dunn 测试的分组：

          d      var1  var2 grp
-1.26431512      a      c   A
 1.28852253      b      d   A
-0.06951728      a      c   A
 0.21254560      b      c   Z
-0.20723889      b      d   Z
 0.02315806      b      d   Z

目前我正在过滤每个变量，然后运行 ​​dunn.test：

a_c<-filter(df, var1 %in% "a", var2 %in% "c")
a_c_results<-dunn.test(df$d, g=df$grp, method="bh")

四种组合以此类推，a_c, a_d, b_c, b_d

我已经尝试过这段代码，因为它在我之前运行的 Kruskal-Wallis 测试中运行良好， 然而，由于 Dunn 测试输出是一个列表，所以我认为这就是这种方法不起作用的原因：

dunn_results<-df %>%
        group_by(var1, var2) %>%
        summarise(p.value=dunn.test(d, grp)$p.value)

我从上面的代码中得到以下错误：

Error: column 'p.value' is of unsupportetd type NULL

Answer 1

邓恩测试结构

你已经很接近了。问题不在于dunn.test 返回一个列表——您处理得正确。问题是该列表没有名为p.value.的成员

library(tidyverse)
library(dunn.test)

rslt <- dunn.test(df$d, df$grp)
str(rslt)
#> List of 5
#>  $ chi2       : num 0.0476
#>  $ Z          : num -0.218
#>  $ P          : num 0.414
#>  $ P.adjusted : num 0.414
#>  $ comparisons: chr "A - Z"
rslt$p.value
#> NULL

不过，这应该可行：

dunn_results <- df %>%
  group_by(var1, var2) %>%
  summarise(p.value = dunn.test(d, grp)$P)

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更新：额外的错误处理

这还没有结束，因为dunn.test() 可以返回错误。在样本集中，有两个错误：

1. “x 中的观测值太少。”对于第 4 行中的 b-c 组合。
2. 对于第 1、3 行中的 a-c 组合，“参数长度为零”。

因此，我们需要将运行 Dunn 检验并提取 P 值向量的函数放入错误捕获函数中。对于 Dunn 测试遇到的任何错误，这将静默返回 NA 作为摘要的 p.value。

dunn_test_wrapper <- function(x, y) {
  tryCatch(dunn.test(x, y)$P, error = function(cond) NA)
}

dunn_results<-df %>%
  group_by(var1, var2) %>%
  summarise(p.value = dunn_test_wrapper(d, grp))