qsub 集群上的作业后检查实时输出答案

【问题标题】：Check real time output after qsub a job on clusterqsub 集群上的作业后检查实时输出
【发布时间】：2015-04-17 14:12:20
【问题描述】：

这是我的 pbs 文件：

#!/bin/bash 
#PBS -N myJob 
#PBS -j oe
#PBS -k o 
#PBS -V
#PBS -l nodes=hpg6-15:ppn=12
cd ${PBS_O_WORKDIR}

./mycommand

在 qsub 文档页面上，好像我把这行 PBS -k o，我应该能够在我的主目录中名为 myJob.oJOBID 的文件中检查实时输出。但是，当我在运行时通过tail -f 或cat 或more 检查输出时，文件中没有显示任何内容。只有当我终止工作时，文件才会显示输出。我应该检查什么以使流实时刷新到输出文件？

【问题讨论】：

标签： cluster-computing qsub torque

【解决方案1】：

默认情况下，文件会在节点上创建，并在作业完成时复制到您的主目录。集群管理员可以通过将“$spool_as_final_name true”添加到每个节点上 mom_priv 目录中的配置文件来更改此行为。

Torque MOM Configuration, parameters

【讨论】：

【解决方案2】：

假设您被允许登录到运行您的进程的节点（这是我们集群的管理员在作业期间允许的，不确定这是否常见），那么您可以获得实时输出由

获取您的进程的PID
浏览此进程使用lsof -n -p <PID> 打开的文件，并找到名称“看起来像”日志的文件。在我们的集群中，文件是

/cm/local/apps/pbspro-ce/var/spool/spool/[JOBID][server].OU
/cm/local/apps/pbspro-ce/var/spool/spool/[JOBID][server].ER

.OU 是标准输出，.ER 是标准错误。然后你可以tail -f获取实时输出。

lsof 的输出可能很长，所以你应该尝试grepping 你的 JOBID，或者这个位 pbspro-ce/var/spool/。

很想知道这是否可以在我们自己的集群中复制。

【讨论】：