【问题标题】:how to qsub jobs to the cluster from the parent directory for the subdirectories如何从子目录的父目录将作业 qsub 到集群
【发布时间】:2016-03-07 09:04:08
【问题描述】:

我在从 Linux 的父目录提交作业时遇到困难。假设在我的父目录中,我确实有 1000 个名为 1,2,3 .... 的子目录,其中 1000 个子目录中都有一个提交脚本 submit.sh。 我不需要单独访问每个子目录和 qsub,这当然会花费我大量的时间,我需要 qsub 父目录中的所有脚本,以便所有计算和输出都将转储到相应的子目录中。有什么办法吗?

非常感谢您的帮助。

【问题讨论】:

    标签: linux qsub


    【解决方案1】:

    shell 脚本怎么样?

    如果您只需要运行每个submit.sh,那么这应该可以满足您在bash 中的要求:

    for i in {1..1000}; do
      cd "$i"
      ./submit.sh
      cd ..
    done
    

    或者如果您需要将它们作为参数传递给某些东西,例如qsub,然后添加您需要的任何内容,例如:

    for i in {1..1000}; do
      cd "$i"
      qsub submit.sh
      cd ..
    done
    

    【讨论】:

    • 我认为 OP 可能会在循环中寻找更多类似 cd $i; ./submit.sh; cd .. 的内容,以确保每个脚本都以子目录作为工作目录运行。
    • 编辑添加。谢谢!
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