查找区间（段）的成对重叠答案

【问题标题】：Find pairwise overlaps of intervals (segments)查找区间（段）的成对重叠
【发布时间】：2013-08-17 09:25:28
【问题描述】：

我们有两组区间A 和B。间隔是指一对有序整数，例如c(2,5)。我想找到所有有重叠的间隔对——一个来自A，一个来自B。

例如如果A和B如下：

A=c(c(1,7), c(2,5), c(4, 16))
B=c(c(2,3), c(2,20))

那么FindOverlap(A, B) 应该返回一个如下所示的矩阵（唯一的零元素是因为A 的第三个区间与B 的第一个区间不重叠）：

1 1
1 1
0 1

你有什么有效的想法吗？

【问题讨论】：

标签： r performance algorithm intervals segments

【解决方案1】：

interval 包似乎在这里提供了一个解决方案：

require("intervals")
A <- rbind(A1=c(1,7), A2=c(2,5), A3=c(4, 16))
B <- rbind(B1=c(2,3), B2=c(2,20))

# here you can also define if it is an closed or open interval
Aint <- Intervals(A)
Bint <- Intervals(B)

# that should be what you are looking for    
interval_overlap(Aint, Bint)

A nice demonstration

【讨论】：

【解决方案2】：

这是我写的一个小函数来做同样的事情。它可以大幅改进。不过有趣的问题。

f <- function(A,B){
  tmpA <-  lapply( A , function(x) min(x):max(x) )
  tmpB <-  lapply( B , function(x) min(x):max(x) )
  ids <- expand.grid( seq_along( tmpA ) , seq_along( tmpB ) )
  res <- mapply( function(i,j) any( tmpA[[i]] %in% tmpB[[j]] ) , i = ids[,1] , j = ids[ ,2] )
  out <- matrix( res , nrow = length( tmpA ) )
  return( out * 1 )
  }

 f(A,B)
     [,1] [,2]
[1,]    1    1
[2,]    1    1
[3,]    0    1

【讨论】：

感谢您的回答。这是一个仅使用基本 R 功能的有趣想法，尽管时间复杂度为 O(n * m * p)，其中 n 是 A 中的项目数，m 是 B 中的项目数，p 是最大长度一个间隔。