pydicom 未定义答案

【问题标题】：pydicom is not definedpydicom 未定义
【发布时间】：2017-11-27 21:56:07
【问题描述】：

我正在尝试学习如何使用pydicom 来读取和处理dicom 图像。我正在使用 Python 3。

import dicom 
import numpy
ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
print(ds.pixel_array)`

我收到一个错误NameError: name 'pydicom' is not defined。如果我改变了

   ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

到

   ds = dicom.read_file(lstFilesDCM[0])

（改用dicom.read_file），我收到以下错误：

NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format 
pydicom does not yet handle. Cannot return array

我还验证了pydicom 已正确安装和更新。

我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

你说import dicom然后尝试使用pydicom。哪个是正确的？
我是根据 pydicom pydicom.readthedocs.io/en/latest/working_with_pixel_data.html 的文档执行此操作的，但无论哪种方式，pydicom 似乎都无法正常工作。正如@serafeim 指出的那样，这可能是因为数据不兼容。我认为数据是标准格式。没想到会不兼容。我会检查并发布我发现的内容。
错误：像素数据以 pydicom 尚未处理的格式压缩表明数据与库不兼容。如果可能，添加一些数据以尝试找到解决方案
是否有任何文档描述了兼容的像素数据类型？该数据直接来自超声心动图机。这是超声波数据。我正在尝试弄清楚如何检查它的兼容性。
存储库中的工作代码中添加了许多压缩数据处理程序，但这些还没有正式发布。要使用存储库代码（相当稳定），请使用pip install git+https://github.com/pydicom/pydicom.git 安装并使用import pydicom。

【解决方案1】：

你正在尝试调用一个你之前没有导入过的类：

用途：

import pydicom
import numpy


ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
print(ds.pixel_array)

或

import dicom
ds = dicom.read_file("the_name_of_file.dcm")

【讨论】：

我也试过了，但是当我尝试导入它时，我得到“没有名为 pydicom 的模块”。我正在使用 jupyter notebook，我什至尝试重新启动内核。
@你安装了 dicom 和 pydicom 吗？另请参阅我修改后的答案
我是从这个网站学习的：http://pydicom.readthedocs.io/en/latest/working_with_pixel_data.html，如果你注意到他们所做的正是我所做的。而且我还提到了我得到NotImplementedError' when I used dicom.read_file`的问题
我无法访问该网站。但是你能试试我在回答中建议的第二件事吗？另外，请务必阅读和使用官方文档。其他一些在线教程经常包含错误
pydicom.readthedocs.io/en/latest/working_with_pixel_data.html 上面说过，我已经试过你的第二种方法，得到了NotImplementedError。我编辑了我的问题以重新格式化它，使其更加明显。

【解决方案2】：

如果你想获得像素数据，我建议使用ImageMagick 套件中的convert 程序。您可以使用 subprocess 模块从 Python 调用此程序。（参见 example，我将它们转换为 JPEG 格式），或者您可以使用 Python bindings 之一。

如果您想处理图像，最好使用绑定。但请注意，并非所有绑定都已转换为 ImageMagick 版本 7。

【讨论】：