用 pydicom 覆盖 DICOMDIR 文件

Question

我正在编辑多个 dicom 图像的元数据，在 dicomdir 之间划分。我已成功加载 dicomdir，遍历它以查找图像，编辑它们的元数据并覆盖原始 dicom 文件。

然后我成功地覆盖了 dicomdir 文件本身，但是当我尝试打开它（例如使用 Aeskulap）时，它给出了一条错误消息，上面写着“没有研究或错误的 DICOMDIR”。

当我尝试重新运行我的代码时，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
File "dicom_run.py", line 28, in <module>
dicom_dir = read_dicomdir(list_files[0])
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom
/filereader.py", line 883, in read_dicomdir
ds = dcmread(filename)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom
/filereader.py", line 850, in dcmread
force=force, specific_tags=specific_tags)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom
/filereader.py", line 741, in read_partial
is_implicit_VR, is_little_endian)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom
/dicomdir.py", line 57, in __init__
self.parse_records()
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom
/dicomdir.py", line 95, in parse_records
child = map_offset_to_record[child_offset]
KeyError: 504

当我访问目录中的单个 dicom 文件时，它们加载得很好，所以问题是我如何覆盖 dicomdir。

我使用以下代码这样做

import pydicom
from pydicom.filereader import read_dicomdir

# Load dicomdir
dicom_dir = read_dicomdir(<path_to_dicomdir>)

# Here I just traverse the dicom_dir object 
# as is outlined here: 
# https://pydicom.github.io/pydicom/stable/auto_examples/input_output/plot_read_dicom_directory.html

# Then I (successfully) overwrite the dicomdir with

dicom_dir.save_as(<path_to_dicomdir>)      

我也尝试过使用 write_file 和 write_dataset 函数，详见此处： https://pydicom.github.io/pydicom/stable/api_ref.html#module-pydicom.filewriter

再次失败。我有原始 dicomdir 文件的备份，当我替换它时，一切都恢复正常（并且每个图像的元数据都已被编辑）。我完全迷路了。

编辑： https://github.com/pydicom/pydicom/issues/918

我偶然发现了这一点。我想我得换一种方式了。

Answer 1

我使用 dcmmkdir 并编写了一个小的 bash 脚本，该脚本进入所有文件夹并运行 dcmmkdir +r 成功覆盖了 dicomdir 文件。