迭代 DICOM 文件答案

【问题标题】：Iterate DICOM files迭代 DICOM 文件
【发布时间】：2017-06-27 04:12:18
【问题描述】：

我正在使用 pydicom 读取 dicom 文件（患者姓名），但我所有的 dicom 文件的名称都为 i34、i67 等（这些名称没有特定的顺序或顺序）。我的问题：我有一个 txt 文件中的患者姓名列表，我想用所有 dicom 文件搜索此 txt 文件中的每个患者姓名，在 dicom 文件中查找他们的 PatientName（对于那些不熟悉的人，每个 dicom 文件有许多患者的信息，其中之一是 PatientName)

示例：

txt 文件：约翰乔治林戈保罗

Dicom 文件： i54 i98 i64 i12

我想要什么：以 John 为例，在 i54、i98、i64、i12 中搜索 PatientName 匹配项。并为 txt 文件中的每个名称执行此操作。希望我说清楚了。提前致谢！

编辑

我尝试了这段代码，但没有成功

import dicom
import os

dir = "/path/to/dir_where_dicom_file_are"
txt = open('/path/to/txt_with_patientsnames.txt','r')
for line in txt:
    for sub, dirs, files in os.walk(dir):
        names = line.strip()
        for dcm in files:
           ds = dicom.read_file(dir+dcm) #necessary for read dicom files                            
           patient = ds.PatientName
           if names in patient:
           #do something

我抽取了 20 个 dicom 图像和 20 个名称的样本。我知道这个样本只有一个 dicom 文件属于一个患者姓名，所以我的输出应该只有一个匹配项吧？但我从中得到了 20 个匹配结果。怎么了？

【问题讨论】：

标签： python pydicom

【解决方案1】：

问题在于逻辑（更具体地说是缺乏逻辑）

dir = "/path/where/dcm/files/are"
arq = open('path/where/file with pacient names are/patient.txt','r')
for linha in arq:
     c = linha.strip()
     for sub,p,a in os.walk(dir):
        for dcm in a:
          ds = dicom.read_file(dir+dcm)
          pctname = ds.PatientName           
          if c in pctname:
          #do something

说实话，我一开始不知道哪里出了问题。

【讨论】：

【解决方案2】：

您也可以考虑从不同的角度来解决这个问题。您可以将 DICOM 文件组织到一个目录层次结构中，该层次结构在其中一个级别包含 PatientName。这将简化快速定位相关文件的过程。一个可以帮助您完成这项任务的脚本是 dicomsort。

使用该工具，下面的命令会将输入目录中的 DICOM 文件排序到 PatientName > StudyDate > SeriesDescription-InstanceNumber 命名的目录结构中。我经常把这样的排序作为后续处理的前提。当然，如果您正在处理一个非常大的数据集，并且只需要访问其中的一小部分，这将是一个次优的解决方案，但我认为它可能对您的情况很方便。

dicomsort data sorted/%PatientName/%StudyDate/%SeriesDescription-%InstanceNumber.dcm

【讨论】：