RDKit 的分子指纹：Fingerprints.FingerprintMols 和 Chem.RDKFingerprint 有什么区别？答案

【问题标题】：What is the difference between RDKit's molecule fingerprints: Fingerprints.FingerprintMols and Chem.RDKFingerprint?RDKit 的分子指纹：Fingerprints.FingerprintMols 和 Chem.RDKFingerprint 有什么区别？
【发布时间】：2021-12-29 14:03:13
【问题描述】：

在制作分子指纹时，谁能告诉我什么时候应该使用FingerprintMols.FingerprintMol 而不是Chem.RDKFingerprint？这是两个选项：

fps = [FingerprintMols.FingerprintMol(x, minPath=1, maxPath=7, fpSize=2048,
                               bitsPerHash=2, useHs=True, tgtDensity=0.0,
                               minSize=128, fingerprinter=Chem.RDKFingerprint) for x in ms]


fps = [Chem.RDKFingerprint(x, ) for x in ms]

FingerprintMols.FingerprintMol 效率更高吗？

【问题讨论】：

标签： python rdkit cheminformatics

【解决方案1】：

我不太确定您对更高效的定义是什么？但确切地说，FingerprintMol 是一个小型包装器，最多用于处理 Java 和 PostgreSQL。你可以从文档中看到它：utility functionality for fingerprinting sets of molecules includes a command line app for working with fingerprints and databases

【讨论】：