如何在 R 中的 biplot PCA 分析中设置颜色

Question

我对 R 环境非常陌生，并开始在练习文件中使用它。 我创建了一个双标图（双标图是我需要做的）并选择我想要的 PC。 Iv 寻找可能存在的答案，但我还不明白所有论点的含义，所以我可能会错过答案。

mat=read.csv('data.txt',sep="\t",row.name=1,check.names=F,header=T)
mat_as_matrix<-as.matrix(mat)
tmat=t(mat_as_matrix)
pca_tmat=prcomp(tmat)
biplot(pca_tmat, choices=c(3,4), col=c("blue","green"))

我的输入数据是这样的：

Taxon   S1  S2  S3  S4  S5  S6  S7  S8  S9  S10 S11
OTU1    45  32  34  55  32  4   12  2   1   4   15
OTU2    1   2   3   2   1   23  32  21  26  34  23
OTU3    1   1   2   1   3   1   2   1   2   1   1
OTU4    12  21  23  45  31  342 342 345 333 322 150

我还做了一些类似以下的尝试来删除箭头。我正在尝试删除 OTU 的标签并将“Sn”标签变成点

biplot(pca_tmat$x,pca_tmat$y,type="p", var.axes = F, choices=c(3,4), col=c('blue','green')['S1','S3'])

但我得到以下错误而没有任何更改： 1L:p 中的错误：长度为 0 的参数

我需要做的是给每个样本一个不同的颜色：Sx、Sy、Sz 第一种颜色 Si、Sj 第两种颜色、Sa、Sb 第三种颜色等...

Answer 1

我不知道如何使用biplot 来做到这一点，但如果您使用原始 PCA 输出，您基本上可以做任何您想做的事情。可能是这样的：

data <- replicate(100, rnorm(100)) pca <- prcomp(data) raw <- pca$x[,1:2] plot(raw[,1], raw[,2], col=rainbow(nrow(raw)), pch=20)

...会给你你正在寻找的东西。请注意我是如何提取原始 PCA 输出的，让我制作自己的双图。

听起来有点像这是一道作业题；如果是，那么我向您保证，使用prcomp 的输出将使您更好地了解 PCA 中正在发生的事情。努力是值得的：D