Promax 旋转 PCA 在 R 颜色中按组

Question

我想对我的数据使用 Promax 进行倾斜 PCA。 看起来许多著名的软件包只处理正交旋转或根本不处理旋转。

我设法使用“Psych”包中的“Principal”来做到这一点：

pca <- principal(DataN[,2:6], nfactors=2, rotate="promax")

我有我需要的东西，2 个相互关联的组件，有 5 个变量。使用biplot(pca)，我几乎得到了我想要的图表......除了我想根据分类变量（男性与女性）为我的点着色。 基本上使用 ggplot 我可以继续（DataN，groups = DataN$Gender），它会根据性别自动为我的数据着色。

但这里没有任何效果。我尝试了很多不同的东西，但 promax 旋转似乎只能使用“psych”，这与 ggbiplot 等不兼容。

我对 R 真的很陌生，我发现无法使用传统的“biplot”来做到这一点。有人可以帮忙吗？非常感谢。

编辑： 那么我的数据是这样的：

Sex     numericvar1     numvar2     numvar3     numvar4      numvar5
M          5              7          8            3              2
F          4              4          3            2              5
M          7              5          6            4              3
F          4              6          5            4              3

我的代码很简单：

library(psych)
biplot(principal(myData,nfactors = 2, rotate = "promax"))

Answer 1

使用新功能时，最好阅读该功能的手册页。在这种情况下，PsyCloot.psych函数在Syct Package中有一个标记的示例，“#Now绘图具有不同颜色和形状的男性和女性”。这个例子有点复杂。这更简单，并使用数据集“虹膜”在三种不同的物种上，但应易于调整：

data(iris)
iris.pca <- principal(iris[, -5], nfactors=2, rotate="promax")
grp <- as.numeric(iris$Species)
biplot(iris.pca, pch=15:17, group=grp)

此绘制三种物种中的每一个使用默认调色板（）中的前三种颜色不同的符号和颜色。您必须为PCH =参数中的每个组定义符号，尽管C（16,16,16）将对每个组使用相同的符号。 group= 参数必须标识每个观察的组。