networkx 使用 matplotlib 在错误的位置开始渲染节点

Question

我已经用 networkx 盯着节点位置，但 matplotlib 将它呈现在错误的位置。 非常重要的是每次启动脚本时都获得相同的图片：因此，节点坐标尊重是基本的。

另外，视图太紧凑，迫使我手动放大内部，并出现在图 2 中，而不是图 1。 最后，matplotlib 在小浮点数 [-1,1] 上工作，我更喜欢屏幕尺寸 x [0,1280] 和 y [0,704]。

我尝试了很多源代码，但仍然无法正常工作

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

zero_zero = 'zero_zero'
zero_one = 'zero_one'
one_zero = 'one_zero'
one_one = 'one_one'

foo_1 = 'foo_1'
foo_2 = 'foo_2'
foo_3 = 'foo_3'
bar_1 = 'bar_1'
bar_2 = 'bar_2'
bar_3 = 'bar_3'

stuff_1 = 'stuff_1'
stuff_2 = 'stuff_2'
stuff_3 = 'stuff_3'
waow = 'waow'


fig = plt.figure(figsize=(100,100))

fig, ax = plt.subplots()
ax.set_xlim(-1.5, 1.5)
ax.set_ylim(-1.5 , 1.5)
G = nx.Graph()

starpos={zero_zero:(0,0), zero_one:(0,1), one_zero:(1,0), one_one:(1,1), foo_1:(1,0),foo_2:(0.1,0.1),foo_3:(0.2,0.3),bar_1:(0.3,0.2),bar_2:(0.76,.80),bar_3:(0,0.2),stuff_1:(0.8,0.6),stuff_2:(0.3,0.9),stuff_3:(0.7,0.7),waow:(0.4,0.6)}    

for k,v in starpos.items():
    G.add_node(k,pos=v)


G.nodes(data=True)


G.add_edge(foo_1, foo_2)

G.add_edge(foo_3, bar_3)
G.add_edge(bar_1, foo_3)
G.add_edge(bar_1, bar_2)
G.add_edge(bar_3, bar_2)


G.add_edge(stuff_1, stuff_3)
G.add_edge(waow, bar_3)
G.add_edge(bar_2, stuff_3)


G.add_edge(zero_zero, zero_one)
G.add_edge(zero_one, one_zero)
G.add_edge(one_zero, one_one)
G.add_edge(one_one, zero_zero)

pos = nx.spring_layout(G)


nx.draw(G, pos, font_size=16, with_labels=False)
for p in pos:  # raise text positions
    pos[p][1] += 0.07
nx.draw_networkx_labels(G, pos)

plt.show()

networkx matplotlib picture

Answer 1

让我们首先处理一个误解：即使您已经为图中的每个节点分配了一个属性'pos'，但绘图命令根本不使用它。

当你这样做时：

nx.draw(G, pos)

参数pos 是一个字典，其键是G 的节点，其值是您希望它们所在的位置。在您的情况下，您已经使用pos=nx.spring_layout(G) 定义了pos。在这个命令中，每个节点最初被赋予一个随机位置，然后它将节点视为由弹簧连接的质量，并试图找到节点将移动到的位置。所以每次它都会找到不同的排列方式，而且——这很重要——它根本不关心你定义的节点属性。

在您的情况下，您已经定义了字典starpos，我相信它具有每个节点的所需位置。因此，在创建节点时无需分配属性[因为 networkx 不使用属性来分配位置]。然后当你绘制它时，使用你已经创建的字典而不是使用spring_layout 来创建一个新的。试试

nx.draw(G, starpos, font_size=16, with_labels=False)