networkx - 未知节点位置错误答案

【问题标题】：networkx - unknown node position errornetworkx - 未知节点位置错误
【发布时间】：2012-12-03 21:27:30
【问题描述】：

我刚刚开始使用 networkx 并正在使用它来构建有根树。抱歉，如果这是一个微不足道的问题，我无法在其他地方找到解决方案。使用以下代码，我得到错误 networkx.exception.NetworkXError: Node 4 has no position。（在 draw_networkx_nodes 中）。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph() 
G.add_node(1)
G.add_node(2)
G.add_node(3)
G.add_node(4)
G.add_node(5)
G.add_node(6)
G.add_edge(1,2) 
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,5)
G.add_edge(2,6)
G.add_edge(3,4)
plt.title("Test") 
pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 
nx.draw(G,pos,with_labels=False,arrows=False) 
plt.savefig('nx_test.png')

一旦我创建节点 4，就会发生这种情况。例如，当我有节点 1 到 4 以及边 1,2 1,3 和 2,4 时，我会遇到同样的错误。代码工作正常，直到我有节点 4（有 3 个节点它工作得很好）。无论我指定边缘的顺序如何，都会发生这种情况。

如果我直接指定边缘，我会得到同样的错误：

    >>> G4 = nx.DiGraph([(1, 2), (1, 3), (2, 5), (2, 6), (3, 4)])
    >>> nx.draw(G4,pos,with_labels=False,arrows=False) 


    Traceback (most recent call last):
       File "<stdin>", line 1, in <module>
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 133, in draw
        draw_networkx(G,pos=pos,ax=ax,**kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 266, in draw_networkx
        node_collection=draw_networkx_nodes(G, pos, **kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 373, in draw_networkx_nodes
        raise nx.NetworkXError('Node %s has no position.'%e)
       networkx.exception.NetworkXError: Node 4 has no position.

谢谢

【问题讨论】：

对我来说很好 - 如果你只是从边缘构造，你会得到同样的结果吗 - 例如：G = nx.DiGraph([(1, 2), (1, 3), (2, 5), (2, 6), (3, 4)])（PS：改变了缩进，所以它更容易复制/粘贴）
是的，我得到了同样的错误（编辑问题以包含该错误）
啊 - 所以与节点无关 - 图表很好 - 绘制不起作用 - 所以This occurs as soon as I create node 4实际上并非如此
是的。以下代码有效：初始化如上 G.add_node(1) G.add_node(2) G.add_node(3) G.add_edge(1,2) G.add_edge(1,3) 绘制如上。这也适用 G = nx.DiGraph([(1, 2), (1, 3)])
打印 pos 字典，看看你得到了什么。如果它缺少节点 4 作为键，那么 graphviz_layout 代码有问题。

标签： python graph graphviz networkx

【解决方案1】：

这是由于两件事造成的：1）graphviz 安装不正确，从头开始重新安装清除了错误。

其次是行

       pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot')

必须始终在绘制图形之前放置（并重复），以考虑新的节点/边。

【讨论】：