【发布时间】：2021-09-03 08:46:36
【问题描述】：
BioPython 包允许通过不同的函数（align.globalxx、align.localxx、...）计算成对的局部或全局对齐。
但是，我在任何地方都没有找到这种对齐所基于的算法。 代码（source、doc）声明：“使用动态规划算法进行成对序列比对”，仅此而已。
- 是否有此实现所依据的论文？
- 它是否使用“标准算法”，如果是，它的名称是什么？
编辑：这个问题更多是为了引用而不是为了理解。
【问题讨论】：
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您提供的链接指向
.py源文件，而不是文档。 -
这里有一份论文列表：biopython.org/wiki/Documentation
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@MattDMo 如果我在科学论文中引用这一点，我需要能够说“我们使用了 biopython 的算法 BLA 的实现，在论文 BLI 中有详细说明”，而目前我没有 BLA也不是 BLI。
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我想这取决于科学领域 - 这通常是我实际需要算法名称的这些用例之一，否则我会被问到为什么我没有使用更标准的 stg。