来自 CLUSTERGRAM 对象的置换向量 (MATLAB)

Question

我正在使用来自 Bioinformatics Toolbox（版本 3.7）的 CLUSTERGRAM 对象。 MATLAB 版本 R2011a。

我想为 clustergram 获取行和列的置换向量，就像我可以使用 dendrogram 函数一样：

x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
     9    10     6     7     8     1     2     4     5     3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
     6     7     8     9     2     1     3     4     5    10

我发现 clustergram 和 dendrogram 的聚类不一样，很可能是由于优化了叶子排序计算（我不想禁用它）。

例如，对于来自的clustergram：

clustergram(x)

（'average' 和 'eucledian' 是 clustergram 的默认方法）

向量（如附图所示）应该是：

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];

那么，如何以编程方式获取这些向量？有人熟悉这个对象吗？

谁能推荐一个好的替代方案？我知道我可以结合 imagesc 和 dendrogram 函数创建一个类似的图形，但是在 clustergram 中的叶子排序比在 dendrogram 中要好得多（最佳）。

Answer 1

通过查看文档，我猜想get(gco,'ColumnLabels') 和get(gco,'RowLabels')，其中gco 是clustergram 对象，应该给你重新排序的标签。请注意，相应的set-methods 以原始顺序接收标签并在内部重新排序它们。

因此，如果您使用了自定义标签 (set(gco,'RowLabels',originalLabels))

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels)

应该返回行排列。