R：在 macOS 10.15 上升级到 R 4.0 后，无法从源代码安装 R 包答案

【问题标题】：R: Unable to install R packages from source after upgrading to R 4.0 on macOS 10.15R：在 macOS 10.15 上升级到 R 4.0 后，无法从源代码安装 R 包
【发布时间】：2020-05-05 21:33:16
【问题描述】：

我刚刚升级到 R 4.0 并正在尝试重新安装一些软件包。但是，我现在似乎无法从源安装。

例如，当运行install.packages("rlang") 并在询问Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel) 时回答yes 时，我收到以下错误消息：

In file included from capture.c:1:
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rinternals.h:39:11: fatal error: 'stdio.h' file
      not found
# include <stdio.h>
          ^~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [capture.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘rlang’

有人知道如何解决这个问题吗？我知道我可以只安装二进制版本，但如果不解决的话，这对于未来的软件包安装来说似乎仍然是一个烦人的问题。

非常感谢！

如果有帮助，这里是sessionInfo() 的输出：

R version 4.0.0 (2020-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.0.0

【问题讨论】：

不确定这是否有帮助（我没有macos），但我听说当xcode（操作系统级工具，而不是R）是（重新）时，许多此类问题得到了解决安装或更新。（对不起，我知道这并不多。）
嗨@r2evans，感谢您的建议。我安装了 XCode 命令行工具，据我所知它是最新版本。我也在post 中找到了一些有用的信息，但并没有解决我的问题。我可能会尝试完全重新安装命令行工具。
好的，最终不需要重新安装XCode命令行工具，rlang开发人员之一suggested an easier fix通过修改.R/Makevars文件。将其添加为答案。
看这里：owsiak.org/r4-0-with-java-14-inside-macos-10-15-4
@Oo.oO 感谢您的建议。我提到的修复非常相似，但将CPPFLAGS 行添加到~/.R/Makevars，而不是更改R 框架中的文件。我根本不是专家，所以我不知道哪个选项最好，但是更改 R 本身安装的文件确实让我有点不舒服......

标签： r macos installation

【解决方案1】：

我还在rlang GitHub 上发布了这个问题，其中一位开发人员suggested 发布了以下修复：

创建~/.R/Makevars 文件（如果还没有）
将以下行添加到~/.R/Makevars：

CPPFLAGS += -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include

这似乎为我解决了问题。 请注意，此修复仅适用于 macOS 10.15 (Catalina)。

更多关于 macOS 的 R 工具链的有用信息可以在这里找到：https://thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos/

【讨论】：