在 R 中更新包 - checkBuilt = TRUE 或 FALSE 的影响

Question

我查看了update.packages(..., checkBuilt = TRUE) 的帮助，但我不清楚为什么不想将TRUE 作为默认设置。默认为FALSE。

这个问题有两个部分。 (1) 有人可以对FALSE 或TRUE 的使用这个论点和理由给出一个明确的解释吗？

据我了解，如果更新 R，那么这可能会产生不同的结果 - 如果软件包尚未更新，那么 FALSE 不会导致本地库被更新的软件包修改，而 TRUE将导致更多（全部？）包被更新。默认选项 (FALSE) 可能会带来速度优势 - 将更新更少的包。稳定性是不确定的——新版本的 R 可能会更好地与新包一起使用，也可能不会（例如，如果新包中存在回归/错误），它可能会或可能不会与早期版本的包一起使用（不保证向后兼容性）。其他优点和缺点对我来说并不明显。 （我在这里可能完全误会了 - 这就是为什么我要求在第 1 部分进行澄清。）

(2) 但是，如果没有更改已安装的 R 版本，那么这些结果不应该相同吗？请参阅 this post 的示例，其中似乎只是调用 update.packages() 会产生问题，即使 R 的版本没有改变。

Answer 1

CheckBuilt = TRUE 对于重大升级（例如 2.14.0）特别有用，它在命名空间中带来了巨大的变化。没有使用以前版本的 R 构建的命名空间的包必须重新编译，否则它们根本不会加载。因此，如果您在 R 2.13 中安装了这样的包（例如 ICE），并且您更新到 R 2.14，您将无法再加载它：

> library(ICE)
Error in library(ICE) : 
  package ‘ICE’ does not have a NAMESPACE and should be re-installed

由于没有带有命名空间的更新版本，如果没有CheckBuilt = TRUE，update.packages() 将不会升级它。所以说update.packages(checkBuilt = TRUE)，你清楚地说，升级所有的包，如果：

• CRAN 上有更新的版本
• 如果该软件包是使用旧版本的 R 构建的，请重新安装该软件包。

它不会修改在相同版本的 R 中编译且 CRAN 上没有可用升级的包。 CheckBuilt 真正的意思是“如果在旧版本中编译则重新安装”，而不是“重新安装所有包”。

为什么默认为 FALSE？我想这会给 CRAN 带来巨大的负担，而且大多数时候没有必要：在小升级（即 R 2.13.0 到 2.13.1）后我从未见过问题。我肯定会建议在任何重大升级（例如 2.13.1 到 2.14.0）之后执行此操作。

我相信您在 (2) 中提到的具体案例是一个例外。它涉及升级使用 apt 而不是从 R 安装的软件包。您无法真正得出此类段错误错误的任何结论。无论如何，如果CheckBuilt = TRUE 对其进行了升级，则意味着它是在以前的 R 版本中构建的。