R 包“JM”：需要 TRUE/FALSE 的缺失值答案

【问题标题】：R package“JM": missing value where TRUE/FALSE neededR 包“JM”：需要 TRUE/FALSE 的缺失值
【发布时间】：2018-10-26 04:42:03
【问题描述】：

我收到以下错误消息：

Error in if (t1 || t2) { : missing value where TRUE/FALSE needed

当我输入：

library(JM)
lmefit=lme(ADAS11+apoe4+AGEING,random = ~AGEING|RID,data = AD,na.action=na.exclude)
coxfit=coxph(Surv(AGEEND,DXEND)~apoe4bl+,data = AD.RID,x=TRUE)
jointfit=jointModel(lmefit,coxfit,timeVar = "AGEING")

这是什么意思，我该如何解决。谢谢

【问题讨论】：

并且数据中没有两个变量t1和t2。

标签： r

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题，发现排除某些 ID 可以避免错误消息。

我的数据集中的一些 ID 仅包含纵向变量的一个数据点。当我从数据中删除这些 ID 时，仅包括至少有 2 个条目的 ID，模型运行时没有错误。我怀疑这是导致问题的原因，因为模型可能不知道如何估计这些变量的随机效应梯度。

删除它们的一种方法：

AD <- AD[which(is.element(AD$RID,
                          AD$RID[duplicated(AD$RID)])),]

请注意，您必须从 AD 和 AD.RID 中删除它们，因为这些数据集需要对应，其中 AD 和 AD.RID 都按 ID 排序并包含相同的个体。

至于变量 t1 和 t2 是什么，以及究竟是什么导致了错误，我不确定 - 我检查了 jointModel、coxph 和 lme 的源代码，它们没有出现在任何函数中。

如果您想包含这些 ID，在贝叶斯框架中可能比常客更有可能，因为使用贝叶斯方法处理丢失的数据更容易。我还没有看过它，但 R 中的 JMBayes 包适合贝叶斯联合模型，并且可能允许您包含这些个体。

【讨论】：