与anaconda的包冲突答案

【问题标题】：Package conflict with anaconda与anaconda的包冲突
【发布时间】：2020-09-21 10:28:46
【问题描述】：

我正在尝试使用 Anaconda 在本地 Ubuntu 上获取一个名为 BEAST 的程序，但收到以下消息：

Package libgcc-ng conflicts for: 
beast2 -> beagle-lib -> libgcc-ng[version='>=4.9|>=7.3.0|>=7.2.0'] 
python=3.7 -> libgcc-ng[version='>=7.2.0|>=7.3.0']

我以为我有 Anaconda 来解决包冲突

这个冲突是什么意思？

似乎两个程序对包版本的优先级不同，那又怎样？这两个项目不能以不同的优先级继续他们的生活吗？

顺便问一下：我将如何解决这个问题？

编辑：

 conda create -n test python=3.7 beast2

给我这个：

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

Package libffi conflicts for:
python=3.7 -> libffi[version='>=3.2.1,<3.3a0|>=3.3,<3.4.0a0']
beast2 -> gettext[version='>=0.19.8.1,<1.0a0'] -> libffi[version='>=3.2.1,<3.3a0']

【问题讨论】：

尝试创建新环境，其中定义了所有依赖项。我已经用提到的部门进行了尝试，它运行良好 (conda create -n test python=3.7 beast2)
类似/相同的错误。 “libstdcxx-ng 冲突...”
你能发布conda create -n test python=3.7 beast2 的全部输出吗？您能否验证为您的 conda 安装配置了哪些通道？（我添加了bioconda 和conda-forge）
很高兴使用mamba并一次安装所有stackoverflow.com/a/69137255/13697228

标签： python unix installation conda bioinformatics

【解决方案1】：

TLDR

conda create -n beast -c conda-forge -c bioconda python=3.7 beast2

加长版

通过告诉 conda 它可以访问 conda-forge，它有一些额外的选项来解决依赖冲突。但是，这并不能真正解释为什么会发生这种情况：

$ conda create -n beast python=3.7 libgcc-ng=7.3 libstdcxx-ng=7.3
$ activate beast
$ conda install -c bioconda beast2
Package libstdcxx-ng conflicts for:
python=3.7 -> libstdcxx-ng[version='>=7.2.0|>=7.3.0']
beast2 -> beagle-lib -> libstdcxx-ng[version='>=7.3.0|>=7.5.0']

不清楚为什么不满足这些依赖关系，因为我们已经安装了 libstdcxx-ng 7.3 版。

替代方案

如果您改用mamba 来制作环境，您会得到稍微有用的反馈：

$ conda install mamba
$ mamba create -n beast-mamba python=3.7 beast2
...
Problem: nothing provides requested beast2
...
$ mamba create -n beast-mamba -c bioconda python=3.7 beast2
...
Encountered problems while solving.
Problem: nothing provides openjdk 8.0* zulu8* needed by beast2-2.4.5-0
...
$ mamba create -n beast-mamba -c bioconda -c conda-forge python=3.7 beast2
...
Success

【讨论】：