如何生成阳性预测值 (PPV) 与分类的各种截止点的图？答案

【问题标题】：How can I generate a plot of positive predictive value (PPV) vs various cut-off points for classifications?如何生成阳性预测值 (PPV) 与分类的各种截止点的图？
【发布时间】：2017-09-13 12:28:56
【问题描述】：

我已经生成了一些分数来帮助预测某事是 (1) 还是否 (0)，假设数据包括：

scores = c(10:20)

response = c(0,0,1,0,1,0,1,1,0,1,1)

mydata = data.frame(scores, response)

我可以进行 ROC 分析，得出的 AUC 为 0.77：

roc(response = mydata$response, predictor = mydata$scores)

现在，我究竟如何看到选择各种截止时会发生什么？我想在 x 轴（比如说 13、14、15、16、17）和 y 轴上设置 PPV。这样做的好方法是什么？我需要什么功能/包？

【问题讨论】：

几个有用的包是ROCR和verification。

标签： r classification roc

【解决方案1】：

我将根据 pROC 包给出答案*。使用 ROCR 包也可以获得类似的结果。

您想使用coords 函数，它可以在某些给定阈值下计算几个常见的统计数据。例如，为了获得所有阈值的 PPV，您可以执行以下操作：

library(pROC)
r <- roc(response = response, predictor = scores)
coordinates <- coords(r, x = "all", input = "threshold", ret = c("threshold", "ppv"))

然后您可以绘制这些值：

plot(t(coordinates))

用感兴趣的阈值替换"all"：

 coordinates <- coords(r, x = c(13, 14, 15, 16, 17), input = "threshold", ret = c("threshold", "ppv"))

_{* 免责声明：我是 pROC 包的作者。}

【讨论】：

能得到作者的回复真是太棒了！将您的工作用于一些重要的事情，非常感谢您！
如果您有一个 PPV 列表，并且希望它返回阈值列表，该怎么办？
@PleaseHelp 这是一个不同的问题。在堆栈溢出时，您应该在有后续问题时提出一个新问题。