当我将惩罚更改为 L1 时，为什么我的 linearSVC 会失败？答案

【问题标题】：Why does my linearSVC fail when I change the penalty to L1?当我将惩罚更改为 L1 时，为什么我的 linearSVC 会失败？
【发布时间】：2021-10-11 10:26:28
【问题描述】：

我正在尝试按照 Hyun 等人的论文中提出的方法从 scikit-learn 构建线性 SVC 模型。（来源：https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1007608#sec010）。论文中写道：

SVM 是在 scikit-learn 中实现的，使用按类频率加权的平方铰链损失来解决类不平衡问题。包含 L1 正则化以强制特征选择的稀疏性

我尝试使用以下代码自己实现：

import numpy as np
from sklearn.model_selection import RepeatedStratifiedKFold, cross_val_score
from sklearn.metrics import accuracy_score
import pandas as pd
from sklearn.svm import LinearSVC
from numpy import mean, std

model = LinearSVC(penalty="l1", class_weight='balanced', loss='squared_hinge')
cv = RepeatedStratifiedKFold(n_splits=5, n_repeats=5, random_state=127)
n_scores = cross_val_score(model, X_data, Y_data, scoring="accuracy", cv=cv, n_jobs=-1)

其中涉及的X数据是基因存在/不存在的二进制矩阵； y 数据是二元表型分类器（抗性 = 1，易感 = 0）。很遗憾，我无法授予对数据集的访问权限。

但是，在返回我的结果 (n_scores) 后，所有值都是“nan”。当我再次执行相同的任务但将惩罚设置为 l2 时，我会得到准确度分数。

发生了什么？为什么它不起作用？

【问题讨论】：

cross_val_score有一个参数error_score；将其设置为 "raise" 并将生成的回溯编辑到您的问题中。
@BenReiniger 感谢您的评论。我这样做并确定应将双重参数设置为false。我还要感谢我联系过的论文的作者。他们还向我推荐了这个例子：scikit-learn.org/stable/auto_examples/svm/plot_svm_scale_c.html

标签： python machine-learning scikit-learn classification svm

【解决方案1】：

Dual 必须设置为 False。示例：https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/svm/plot_svm_scale_c.html

【讨论】：