如何使用 R 在随机森林中生成决策树图和变量重要性图？答案

【问题标题】：How do I generate a Decision Tree plot and a Variable Importance plot in Random Forest using R?如何使用 R 在随机森林中生成决策树图和变量重要性图？
【发布时间】：2019-01-30 15:58:08
【问题描述】：

我是数据科学的新手，我正在使用随机森林算法进行机器学习分析以执行分类。我的数据集中的目标变量称为 Attrition (Yes/No)。

我对如何在 Random Fores` 中生成这两个图有点困惑：

(1) Feature Importance Plot

(2) Decision Tree Plot

我了解随机森林是数据集中多个决策树模型的集合。

假设我的训练数据集称为TrainDf，我的测试数据集称为TestDf，我如何在 R 中创建这两个图？

更新：从这 2 个帖子看来，它们似乎无法完成，或者我在这里遗漏了什么？ Why is Random Forest with a single tree much better than a Decision Tree classifier?

How would you interpret an ensemble tree model?

【问题讨论】：

为了绘制（伪）树结构，查看这个问题的答案：stats.stackexchange.com/questions/41443/…
决策树图在 RF 中没有意义，因为（顾名思义）有多个树，每个树都略有（或很多）不同。所以你不能制作一个单一的情节，除非你以某种方式平均所有这些树（不是很有用）。重要性图可以做，看这里的第一个答案。
OP 可能希望能够打印森林中的任何决策树，这可以通过 getTree 函数完成
@RLave 我对您的链接所指的答案感到困惑。

标签： r machine-learning random-forest decision-tree feature-selection

【解决方案1】：

要绘制变量重要性，您可以使用以下代码。

mtcars.rf <- randomForest(am ~ ., data=mtcars, ntree=1000, keep.forest=FALSE,
                      importance=TRUE)
varImpPlot(mtcars.rf)

【讨论】：

【解决方案2】：

特征重要性图与ggplot2，

library(randomForest)
library(ggplot2)
mtcars.rf <- randomForest(vs ~ ., data=mtcars)
imp <- cbind.data.frame(Feature=rownames(mtcars.rf$importance),mtcars.rf$importance)
g <- ggplot(imp, aes(x=reorder(Feature, -IncNodePurity), y=IncNodePurity))
g + geom_bar(stat = 'identity') + xlab('Feature')

决策树图与igraph（随机森林中的一棵树）

tree <- randomForest::getTree(mtcars.rf, k=1, labelVar=TRUE) # get the 1st decision tree with k=1
tree$`split var` <- as.character(tree$`split var`)
tree$`split point` <- as.character(tree$`split point`)
tree[is.na(tree$`split var`),]$`split var` <- ''
tree[tree$`split point` == '0',]$`split point` <- ''

library(igraph)
gdf <- data.frame(from = rep(rownames(tree), 2),
                          to = c(tree$`left daughter`, tree$`right daughter`))
g <- graph_from_data_frame(gdf, directed=TRUE)
V(g)$label <- paste(tree$`split var`, '\r\n(', tree$`split point`, ',', round(tree$prediction,2), ')')
g <- delete_vertices(g, '0')
print(g, e=TRUE, v=TRUE)
plot(g, layout = layout.reingold.tilford(g, root=1), vertex.size=5, vertex.color='cyan')

从下图中可以看出，决策树中每个节点的标签表示在该节点处选择用于拆分的变量名称，（拆分值，标签为1的类的比例）在该节点处。

同样，第 100 棵树可以通过 k=100 和 randomForest::getTree() 函数获得，如下所示

【讨论】：