ValueError: numpy.dtype 的大小错误，尝试重新编译答案

【问题标题】：ValueError: numpy.dtype has the wrong size, try recompilingValueError: numpy.dtype 的大小错误，尝试重新编译
【发布时间】：2013-07-16 14:06:17
【问题描述】：

我刚刚在我的 python 2.7 上安装了 pandas 和 statsmodels 包当我尝试“import pandas as pd”时，会出现此错误消息。任何人都可以帮忙吗？谢谢！！！

numpy.dtype has the wrong size, try recompiling
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\analytics\ext\python27\lib\site-packages\statsmodels-0.5.0-py2.7-win32.egg\statsmodels\formula\__init__.py",
line 4, in <module>
    from formulatools import handle_formula_data
  File "C:\analytics\ext\python27\lib\site-packages\statsmodels-0.5.0-py2.7-win32.egg\statsmodels\formula\formulatools.p
y", line 1, in <module>
    import statsmodels.tools.data as data_util
  File "C:\analytics\ext\python27\lib\site-packages\statsmodels-0.5.0-py2.7-win32.egg\statsmodels\tools\__init__.py", li
ne 1, in <module>
    from tools import add_constant, categorical
  File "C:\analytics\ext\python27\lib\site-packages\statsmodels-0.5.0-py2.7-win32.egg\statsmodels\tools\tools.py", line
14, in <module>
    from pandas import DataFrame
  File "C:\analytics\ext\python27\lib\site-packages\pandas\__init__.py", line 6, in <module>
    from . import hashtable, tslib, lib
  File "numpy.pxd", line 157, in init pandas.tslib (pandas\tslib.c:49133)
ValueError: numpy.dtype has the wrong size, try recompiling

【问题讨论】：

你是如何安装 pandas 的？
Cannot import Scikit-Learn的可能重复
你试过重新编译吗？
为什么不使用 python(x,y)、enthought 或 winpython 发行版？它们专门为在 windows 下为科学 python 用户消除这些编译和安装问题而设计，并随附您可能想要预编译的大多数包。
当 pandas 编译为比您安装的版本更新的 numpy 版本时，会显示此消息。您需要针对已安装的 numpy 版本重新编译 pandas 或更新 numpy。

标签： python numpy installation pandas statsmodels

【解决方案1】：

（稍微扩展一下我的评论）

Numpy 开发人员通常遵循保持向后兼容二进制接口 (ABI) 的策略。但是，ABI 不向前兼容。

这意味着什么：

在编译扩展中使用 numpy 的包是针对特定版本的 numpy 编译的。 numpy 的未来版本将与包的已编译扩展兼容（例外情况见下文）。这些其他包的分发者不需要针对新版本的 numpy 重新编译他们的包，当用户更新到新版本的 numpy 时，用户也不需要更新这些其他包。

但是，这并没有朝着另一个方向发展。如果一个包是针对特定的 numpy 版本（比如 1.7）编译的，则不能保证该包的二进制文件可以与旧的 numpy 版本（比如 1.6）一起使用，而且通常或大多数情况下它们不会。

pandas 和 statsmodels 等软件包的二进制分发是针对最新版本的 numpy 编译的，但在安装旧版本的 numpy 时将无法正常工作。如果我没记错的话，一些包，例如 matplotlib，会针对它们支持的最旧的 numpy 版本编译它们的扩展。在这种情况下，具有相同旧版本或任何更新版本 numpy 的用户可以使用这些二进制文件。

问题中的错误信息是二进制不兼容的典型结果。

解决方案是通过将 numpy 更新到至少编译 pandas 或 statsmodels 的版本，或者针对已安装的旧版本 numpy 重新编译 pandas 和 statsmodels 来获得二进制兼容版本。

打破 ABI 向后兼容性：

numpy 中的改进或重构有时会破坏 ABI 向后兼容性。这发生在 numpy 1.4.0 中（无意中）。因此，将 numpy 更新到 1.4.0 的用户，与所有其他已编译包的二进制不兼容，这些包是针对先前版本的 numpy 编译的。这要求所有使用 numpy 的二进制扩展包都必须重新编译才能与 ABI 不兼容的版本一起使用。

【讨论】：

我尝试更新 numpy 和 pandas，但仍然出现此错误，有什么想法吗？

【解决方案2】：

我在使用另一个库时遇到了类似的错误，并意识到我的系统上安装了多个版本的 numpy。我的解决方法是编辑我的 PYTHONPATH 并将包含最新版本 numpy 的站点包放在首位。

【讨论】：

【解决方案3】：

我在使用 pandas 访问 MYSQL 时也遇到了这个错误。此错误消息表明存在二进制兼容问题，可以通过以下方式解决使用最新版本的 pandas 和 numpy 包。这是我解决此问题的步骤，它在我的 Ubuntu 12.04 上运行良好：

cd /tmp/
wget https://pypi.python.org/packages/source/p/pandas/pandas-0.12.0.tar.gz
tar xzvf pandas-0.12.0.tar.gz
cd pandas-0.12.0
easy_install --upgrade numpy

【讨论】：

我这样做并得到了这个错误File "numpy/core/setup.py", line 654, in get_mathlib_info RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

【解决方案4】：

就我而言，我已经安装了 pandas-0.10.0.win-amd64-py2.7，但正在检查更新版本的 pandas 中是否已修复错误。所以我做了一个easy_install -U来强制升级，但是由于与numpy等不兼容而出现上述错误......当我这样做时

import pandas

为了解决这个问题，我刚刚重新安装了 pandas-0.10.0.win-amd64-py2.7 二进制文件，一切正常。我没有看到这个答案（建议使用 pip），这可能对我有帮助（虽然不确定）Install particular version with easy_install

这也强调了为什么应该使用 virtualenv（我不是）。

【讨论】：

【解决方案5】：

对我（Mac OS X Mavericks）来说，安装 python2.6 的版本是可行的：

sudo port install py26-scikit-learn

然后运行：

python2.6 myscript.py

【讨论】：

【解决方案6】：

我在 Webfaction 上解决的问题是旧的 numpy 库（1.5），它与我的新库冲突

pip 安装熊猫

在 .virtualenv 中安装。

在我从虚拟环境中 pip install pandas 后问题解决了。这个想法来自https://github.com/pydata/pandas/issues/3711的讨论，谢谢cpcloud！

【讨论】：

【解决方案7】：

对我来说（Mac OS X Maverics，Python 2.7）

easy_install --upgrade numpy

帮助。在此之后，您可以安装最新的软件包 pandas、scikit-learn 等。使用 pip：

pip install pandas

【讨论】：

我刚刚执行了“easy_install --upgrade numpy”，但没有安装pandas和k scikit-learn等最新的相关包。一切都很好。
也为我工作（Ubuntu 14.04，Python 2.7）

【解决方案8】：

我刚刚遇到这个“ValueError”问题并已解决。 numpy 包肯定有问题。

但是当我尝试pip install --upgrade numpy 时失败了，所以我卸载并下载了最新的numpy.zip 文件。然后手动解压缩并python setup.py install它。

幸运的是，它有效！

【讨论】：

我也失败了。然后我尝试了sudo pip install --upgrade numpy，它成功了。

【解决方案9】：

我发现它是一个过时或不匹配的简单版本，并通过以下方式修复：

pip install --upgrade numpy
pip install --upgrade scipy
pip install --upgrade pandas

或者可能与一个班轮一起工作：

pip install --upgrade numpy scipy pandas

【讨论】：

随着 OSX 上的 el capitan 更改，我建议使用 --user 作为附加参数来防止 pip 覆盖系统文件。否则用户会很想使用 sudo。
@Roy- 这取决于是否正在使用系统 python 或 brew 版本 afaiksudo 不应该与 brew python 一起使用。

【解决方案10】：

和here一样，只有sudo pip install pandas==0.13.1对我有用

【讨论】：

【解决方案11】：

就像@user333700 所说，所需的库版本可能无法相互满足。您将一个库作为另一个库的依赖项。然后在不知道它已作为依赖项安装的情况下，您需要该特定库并安装一个版本。使用这种方式，依赖关系可能会混乱。

我遇到过这样的情况并寻找解决方案。发现这个： https://stackoverflow.com/a/12975518/1694344

我有两个不同版本的 egg-info 文件和 numpy 的文件夹名称：

drwxr-xr-x. 19 root root   4096 Sep 25 15:00 numpy
drwxr-xr-x.  2 root root   4096 Sep 22 11:25 numpy-1.13.1.dist-info
-rw-r--r--.  1 root root   1630 Nov 20  2015 numpy-1.7.1-py2.7.egg-info

我将它们全部删除并使用 pip 重新安装了 numpy。

【讨论】：

【解决方案12】：

在某些情况下，您希望保留特定的 NumPy 版本，而此处提到的升级选项将不起作用。我想到的一个例子是预装了 ArcGIS 的 Python 发行版。要使 ArcPy 在 ArcGIS 10.5.1 中工作，该发行版必须是 Python 2.7.12 和 NumPy 1.9.3，任何其他版本的 NumPy 都可能会导致 ArcPy 功能出现问题。

在这种情况下，您可以尝试安装一个特定的旧版本的有问题的第三方库，该库应该与 ArcGIS 拥有的旧 NumPy 版本兼容。

例如，scikit-learn 0.19.1 不能与 NumPy 1.9.3 一起使用，并且会导致您提到的相同错误。但是，scikit-learn 0.15 可以正常工作。您可以测试不同的版本以找到有效的版本。只需通过 pip 提及版本号即可：

python -m pip install scikit-learn==0.15

【讨论】：

【解决方案13】：

我遇到了类似的问题，只是按照之前的 cmets 中的建议使用 pip install ... 重新安装不起作用。

对我有用的是使用添加的标志 pip install --no-cache-dir ... 重新安装，似乎缓存中某处存在不兼容的 numpy 版本。

【讨论】：