在 Hadoop 上处理大科学数据答案

【问题标题】：working with big scientific data on Hadoop在 Hadoop 上处理大科学数据
【发布时间】：2012-07-24 03:15:42
【问题描述】：

我目前正在启动一个名为“使用 Hadoop 进行时间序列挖掘算法的云计算”的项目。我拥有的数据是大小超过 TB 的 hdf 文件。在 hadoop 中，我知道我们应该将文本文件作为输入以进行进一步处理（map-reduce 任务）。所以我有一个选择，我将所有 .hdf 文件转换为文本文件，这将花费大量时间。

或者我找到了一种在 map reduce 程序中使用原始 hdf 文件的方法。到目前为止，我还没有成功找到任何读取 hdf 文件并从中提取数据的 java 代码。如果有人对如何处理 hdf 文件有更好的了解，我将非常感谢您的帮助。

谢谢阿尤什

【问题讨论】：

标签： hadoop mapreduce hdf5 netcdf

【解决方案1】：

这里有一些资源：

SciHadoop（使用 netCDF，但可能已经扩展到 HDF5）。
您可以使用JHDF5 或下级官方Java HDF5 interface 从map-reduce 任务中的任何HDF5 文件中读取数据。

【讨论】：

谢谢。你知道一些教程来学习使用这个（第二个选项）

【解决方案2】：

如果您没有找到任何 java 代码并且可以使用其他语言进行操作，那么您可以使用 hadoop 流。

【讨论】：

什么是 Hadoop 管道以及它如何帮助读取 HDF5？

【解决方案3】：

对于您的第一个选项，您可以使用HDF dump 之类的转换工具将 HDF 文件转储为文本格式。否则，您可以使用 Java 库编写程序来读取 HDF 文件并将其写入文本文件。

对于您的第二个选项，SciHadoop 是一个很好的示例，说明如何从 Hadoop 读取科学数据集。它使用 NetCDF-Java 库来读取 NetCDF 文件。 Hadoop 不支持文件 IO 的 POSIX API。因此，它使用额外的软件层将 NetCDF-java 库的 POSIX 调用转换为 HDFS(Hadoop) API 调用。如果 SciHadoop 尚不支持 HDF 文件，您可能会走上更艰难的道路并自己开发类似的解决方案。

【讨论】：

谢谢第一个选项对我来说似乎更合理。

【解决方案4】：

SciMATE http://www.cse.ohio-state.edu/~wayi/papers/SciMATE.pdf 是一个不错的选择。它是基于 MapReduce 的一个变体开发的，它已被证明比 Hadoop 更高效地执行许多科学应用程序。

【讨论】：