使用不同大小的 h5py 数组保存答案

【问题标题】：Saving with h5py arrays of different sizes使用不同大小的 h5py 数组保存
【发布时间】：2016-09-09 21:57:46
【问题描述】：

我正在尝试使用 HDF5 数据格式存储大约 3000 个 numpy 数组。数组长度从 5306 到 121999 np.float64

我得到 Object dtype dtype('O') has no native HDF5 equivalent 错误，因为由于数据的不规则性，numpy 使用通用对象类。

我的想法是将所有数组填充到 121999 长度并将大小存储在另一个数据集中。

但是这在空间上似乎效率很低，有没有更好的方法？

编辑：澄清一下，我想存储 3126 个 dtype = np.float64 数组。我将它们存储在 list 中，当 h5py 执行例程时，它会转换为 dtype = object 的数组，因为它们的长度不同。为了说明这一点：

a = np.array([0.1,0.2,0.3],dtype=np.float64)
b = np.array([0.1,0.2,0.3,0.4,0.5],dtype=np.float64)
c = np.array([0.1,0.2],dtype=np.float64)

arrs = np.array([a,b,c]) # This is performed inside the h5py call
print(arrs.dtype)
>>> object
print(arrs[0].dtype)
>>> float64

【问题讨论】：

您是要保存一个包含 3000 个子数组（带有 dtype 对象）的数组，还是 3000 个数组，每个数组都带有 dtype float？举一个 2 或 3 个数组的小例子。
我在编辑中澄清了它
arrs 是 h5py 无法保存的对象数组。您必须将a、b、c 保存为单独的datasets。这些数组将是 datagroup 的元素，您可以使用字典接口与组。

标签： python arrays numpy hdf5 h5py

【解决方案1】：

看起来你尝试了类似的东西：

In [364]: f=h5py.File('test.hdf5','w')    
In [365]: grp=f.create_group('alist')

In [366]: grp.create_dataset('alist',data=[a,b,c])
...
TypeError: Object dtype dtype('O') has no native HDF5 equivalent

但是，如果您将数组保存为单独的数据集，则可以：

In [367]: adict=dict(a=a,b=b,c=c)

In [368]: for k,v in adict.items():
    grp.create_dataset(k,data=v)
   .....:     

In [369]: grp
Out[369]: <HDF5 group "/alist" (3 members)>

In [370]: grp['a'][:]
Out[370]: array([ 0.1,  0.2,  0.3])

并访问组中的所有数据集：

In [389]: [i[:] for i in grp.values()]
Out[389]: 
[array([ 0.1,  0.2,  0.3]),
 array([ 0.1,  0.2,  0.3,  0.4,  0.5]),
 array([ 0.1,  0.2])]

【讨论】：

嗨，你能解释一下k和v吗？
字典 items() 产生 key value 对的元组。

【解决方案2】：

变长内部数组的清理方法： http://docs.h5py.org/en/latest/special.html?highlight=dtype#arbitrary-vlen-data

hdf5_file = h5py.File('yourdataset.hdf5', mode='w')
dt = h5py.special_dtype(vlen=np.dtype('float64'))
hdf5_file.create_dataset('dataset', (3,), dtype=dt)
hdf5_file['dataset'][...] = arrs

print (hdf5_file['dataset'][...])
>>>array([array([0.1,0.2,0.3],dtype=np.float64), 
>>>array([0.1,0.2,0.3,0.4,0.5],dtype=np.float64, 
>>>array([0.1,0.2],dtype=np.float64], dtype=object)

仅适用于一维数组，https://github.com/h5py/h5py/issues/876

【讨论】：