将 NA 分配给表的名称

Question

在下面的示例中，我想将 NA 提取为一个级别并将其显示在表格中，就像其他级别一样。 levels() 函数不适用于 NA 值。有没有其他方法可以解决这个问题？

n=1000
comorbid<-sample(c(rep("diabetes",2),
  rep("hypertension",5),
  "cirrhosis","stroke","heartfailure",
  "renalfailure",rep("COPD",3)),
  n,
  replace=T)
comorbid[sample(1:n,50)]<-NA
mort<-sample(c(rep("alive",4),
"dead"),n,replace=T)
table.cat<-data.frame(matrix(rep(999,7),nrow=1))
table<-table(comorbid,useNA="always")
per<-prop.table(table)
table.sub<-table(comorbid,mort,useNA="always")
per.sub<-prop.table(table.sub,2)
p<-tryCatch({#using fisher's test when scarce data
      chisq.test(table.sub)$p.value
   }, warning = function(w) {
      fisher.test(table.sub,
      workspace = 10e7)$p.value
   })
frame<-data.frame(No.tot=as.data.frame(table)[,"Freq"],
     per.tot=as.data.frame(per)[,"Freq"],
     No.1=as.data.frame.matrix(table.sub)[,"alive"],
     per.1=as.data.frame.matrix(per.sub)[,"alive"],
     No.2=as.data.frame.matrix(table.sub)[,"dead"],
     per.2=as.data.frame.matrix(per.sub)[,"dead"],
     p=p)
rownames(frame)<-paste("comorbid",levels(comorbid),sep="_")

Answer 1

levels() 与 NA 值一起工作得很好。然而levels() 需要的是一个因素（或任何具有levels 属性的东西）。根据您的代码，comorbid 是一个字符向量：

> class(comorbid)
[1] "character"

如果您将comorbid 强制为一个因子并更改默认值以便NAs 不从因子级别中排除，您将获得所需的行为：

fcomorbid <- factor(comorbid, exclude = NULL)

levels(fcomorbid)
paste("comorbid", levels(fcomorbid), sep = "_")

> levels(fcomorbid)
[1] "cirrhosis"    "COPD"         "diabetes"     "heartfailure" "hypertension"
[6] "renalfailure" "stroke"       NA            
> paste("comorbid", levels(fcomorbid), sep = "_")
[1] "comorbid_cirrhosis"    "comorbid_COPD"         "comorbid_diabetes"    
[4] "comorbid_heartfailure" "comorbid_hypertension" "comorbid_renalfailure"
[7] "comorbid_stroke"       "comorbid_NA"

然后完成您的示例

rownames(frame) <- paste("comorbid", levels(fcomorbid), sep = "_")

我们有

> frame
                      No.tot per.tot No.1      per.1 No.2      per.2         p
comorbid_cirrhosis        69   0.069   57 0.07011070   12 0.06417112 0.3108409
comorbid_COPD            209   0.209  172 0.21156212   37 0.19786096 0.3108409
comorbid_diabetes        128   0.128  101 0.12423124   27 0.14438503 0.3108409
comorbid_heartfailure     57   0.057   45 0.05535055   12 0.06417112 0.3108409
comorbid_hypertension    334   0.334  267 0.32841328   67 0.35828877 0.3108409
comorbid_renalfailure     78   0.078   61 0.07503075   17 0.09090909 0.3108409
comorbid_stroke           75   0.075   63 0.07749077   12 0.06417112 0.3108409
comorbid_NA               50   0.050   47 0.05781058    3 0.01604278 0.3108409