查找序列中子序列的位置

【问题标题】：Finding position of subsequence in a sequence查找序列中子序列的位置
【发布时间】：2021-06-09 22:35:32
【问题描述】：

l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"

for i in range(len(l1)):
    if l1[i] == "A" and l1[i+1] == "T" and l1[i+2] == "A" and l1[i+3] == "T":
       print (i+1)

L1 是主序列 L2 是我试图在 L1 中找到的子序列。上面的代码确实给了我正确的输出（2,4,10）但是有更好的方法吗？我是编码新手，我想如果我有一个更大的序列，这可能效率不高。谢谢！

【问题讨论】：

也许正在寻找 Rabin-Karp 算法？或 KMP - Knuth-Morris-Pratt、Boyer-Moore - 取决于您的要求。

标签： list position subsequence

【解决方案1】：

您可以使用re 模块。但首先将l2字符串转换为正则表达式：

A(?=TAT)

那么你可以使用re.finditer:

import re

l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"

search_string = "{}(?={})".format(l2[0], l2[1:])

out = [m.start() + 1 for m in re.finditer(search_string, l1)]
print(out)

打印：

[2, 4, 10]

【讨论】：