Matlab：DNA序列比较答案

【问题标题】：Matlab: DNA Sequence ComparisonMatlab：DNA序列比较
【发布时间】：2015-12-08 16:10:51
【问题描述】：

我想比较两个 DNA 序列。但是，我想将第一个蛋白质用于第一个序列，并将其与第二个序列的全长进行比较，依此类推。

例如

DNASequence1：ABCDEFGHIJKA

DNASequence2: ABCHIKABTIYO

因此，它获取序列 A 中的第一个蛋白质并将其与第二个序列进行比较，产生两个匹配。然后它接受 B 并比较它，产生另外两个匹配项。以此类推，直到所有的蛋白质都比较完毕。

【问题讨论】：

提示：看看DNASequence2 == DNASequence1(1)给你什么。
这样可以吗？ sum(~bsxfun(@minus,dna1,dna2'),1)
不怕 hbaderts。谢谢@beaker，我了解现在产生的结果。现在将尝试编写一些代码！
另一个提示：您可能希望将bsxfun 与@eq 一起使用。
@beaker 还有更多线索吗？如果可能的话，我希望以某种形式的循环进行设置，因为 DNA 长度可以说两个序列为 15，另一个为 20。

标签： matlab dna-sequence

【解决方案1】：

您可以使用循环来执行此操作，但bsxfun 更简洁（并且可能更快）并给出相同的结果：

A = 'ABCDEFGHIJKA';   %// I shortened the variable names...
B = 'ABCHIKABTIYO';   %// because I don't like typing.

C = bsxfun(@eq, B, A')

C =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0

C 的每一行都是1，其中来自A 的对应元素出现在B 中。例如，行9 给出了所有出现在I 序列中的字母B。

这也适用于序列长度不同的情况：

>> D = [B B]
D = ABCHIKABTIYOABCHIKABTIYO

>> bsxfun(@eq, D, A')
ans =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
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【讨论】：

感谢您。对不起，我之前有一个非常愚蠢的时刻！