如何使用python从（nifti文件）.nii.gz文件中获取.json文件答案

【问题标题】：how obtain a .json file from (nifti file) .nii.gz file with python如何使用python从（nifti文件）.nii.gz文件中获取.json文件
【发布时间】：2020-09-21 15:55:38
【问题描述】：

我刚刚获得了 .nii.gz 格式的 82 个 nifti 文件的数据集，对于每个文件，我想要一个 .JSON 文件，其中包含每个 nifti 文件的相关元数据信息，我如何获得它？

【问题讨论】：

标签： python json nifti

【解决方案1】：

你可以使用 SimpleITK 读取 Nifti 文件的元数据字典，然后使用 python 的 JSON 库将其写出来。

下面是一个例子：

import sys
import json
import SimpleITK as sitk

reader = sitk.ImageFileReader()

reader.SetFileName(sys.argv[1])
reader.LoadPrivateTagsOn()

reader.ReadImageInformation()

data_dictionary = {}

for k in reader.GetMetaDataKeys():
    v = reader.GetMetaData(k)
    data_dictionary[k] = v

print(json.dumps(data_dictionary))

我根据以下 SimpleITK 示例对其进行了改编： https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/link_DicomImagePrintTags_docs.html

【讨论】：

【解决方案2】：

可以获取头部数据：

import nibabel as nib
image = nib.load('file.nii.gz')  # read image
print(image.header)

如果您需要患者数据（元数据）：年龄、姓名...

patient_data=str(image.header.extensions)
print(patient_data)

【讨论】：