如何调整 nifti（nii.gz 医学图像）文件的大小答案

【问题标题】：How to resize a nifti (nii.gz medical image) file如何调整 nifti（nii.gz 医学图像）文件的大小
【发布时间】：2020-11-04 05:20:38
【问题描述】：

我有一些不同形状的 nii.gz 格式的医学图像。我想将所有的大小调整为相同的形状以供深度学习模型使用，我尝试使用 nibabel 的 resample_img()，但它破坏了我的图像。我想做一些其他功能，只是将其调整为特定形状，例如 (512,512,129)。

请在这方面帮助我。我被困在这一步好几天了。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

也许你可以用这个：

我在其中一篇论文中看到了它。下面是函数 ScaleToFixed 中的示例：

这就是我的做法。我有形状 320x320x130 的体积（黑色和白色，所以没有 rgb 尺寸）。我想让它变小两倍。这对我有用：

import skimage.transform as skTrans
im = nib.load(file_path).get_fdata()
result1 = skTrans.resize(im, (160,160,130), order=1, preserve_range=True)

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以使用TorchIO:

import torchio as tio

image = tio.ScalarImage('path/to/image.nii.gz')
transform = tio.CropOrPad((512,512,129))
output = transform(image)

如果您想保留原始视野，可以改用Resample 转换。

免责声明：我是 TorchIO 的主要开发者。

【讨论】：