将CSV数据转换为矩阵到R中的热图答案

【问题标题】：Convert CSV data to a matrix to a heatmap in R将CSV数据转换为矩阵到R中的热图
【发布时间】：2013-03-24 11:53:49
【问题描述】：

为我正在写的一篇论文做一些可视化，并且被困在将数据从 CSV 加载的表格传输到矩阵中（以便之后能够从中绘制热图）。

我正在这样做：

dta.tesiscsv<- read.csv("dtatesis.csv", header=TRUE)

加载如下所示的数据样本：

Col,Row,Kf
1,1,100
1,2,97.14285714
2,1,100 
...,...,...

但在下一步中有点迷失（创建一个空矩阵并根据公式将数据从表中传输到它）：

X<- matrix(nrow= 48, ncol=12)
X[dta.test[,c(1:2)]] <- dta.test$Kf

【问题讨论】：

标签： r csv heatmap

【解决方案1】：

您可以使用reshape2 包中的acast 来获取所需矩阵形式的数据。

require(reshape2)
acast(dta.test, Row ~ Col, value.var = "Kf")

这将用NA 填充缺失值。如果你想填充它们，例如，用 0 代替，那么，

acast(dta.test, Row ~ Col, value.var = "Kf", fill = 0)

可以做到这一点。您可以使用 heatmap(.) 将其包裹起来以获取热图。

【讨论】：

【解决方案2】：

怎么样（如果每个 Col/Row 组合有一个行，这应该是有意义的）：

dta.tesiscsv <- read.table(text="Col,Row,Kf
1,1,100
1,2,97.14285714
2,1,100",h=T,sep=",")

X <- tapply(dta.tesiscsv[,3],dta.tesiscsv[,2:1],head,1)
heatmap(X)

【讨论】：

【解决方案3】：

你真的很亲密。要使用矩阵索引，索引必须是矩阵，而不是 data.frame。

X[as.matrix(dta.test[,c(1:2)])] <- dta.test$Kf

【讨论】：