每次循环迭代创建一个新字典答案

【问题标题】：Create a new dictionary with each iteration of loop每次循环迭代创建一个新字典
【发布时间】：2017-03-30 21:32:47
【问题描述】：

我正在尝试从 VCF 文件中提取位置和 SNP。到目前为止，我已经写了以下内容。但是如何更改字典的名称，以便每个输入文件都有一个字典呢？

即：python vcf_compare.py file1.vcf file2.vcf file3.vcf

import sys

import vcf

for variants in sys.argv[1:]:
    file1 = {} 
    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))
    for record in vcf_reader:
        pos = record.POS
        alt = record.ALT
        ref= record.REF
        snps[pos]=ref,alt

所以为 argv[1] 创建了一个名为 file1 的字典。如何使字典名称更改为例如为循环的第二次迭代归档二？

【问题讨论】：

我会保留一个字典列表，然后每次都将新字典添加到列表中。如果您希望能够通过某个名称访问它们中的每一个，那么制作一个字典字典，每个键都是您想要的名称。
使用容器。
How do I create a variable number of variables?的可能重复
并确保您使用已接受的答案。归结为使用字典。但既然你想要有序的、编号的“变量”，也许一个列表就可以了。
以后你会如何参考字典？

标签： python bioinformatics vcf-variant-call-format

【解决方案1】：

简短的回答：你不能。对于许多早期的程序员来说，这是一个令人难以置信的令人沮丧的事实。修复：另一本字典！在variants for 循环之外，创建另一个字典并将文件名用作键。示例（你不能只是复制粘贴这个，因为我不知道如何使用 vcf 库）：

import sys

import vcf

all_files = {}
for variants in sys.argv[1:]:
    #didn't see file1 used, and didn't see snps created
    #so figured file1 was snps...
    snps = {} 
    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))
    for record in vcf_reader:
        pos = record.POS
        alt = record.ALT
        ref= record.REF
        snps[pos]=ref,alt
    all_files[variants] = snps

我在这里假设variants 是一个字符串形式的文件名。如果不是，请将all_files[variants] 中的variants 替换为您要用作其键的字符串。

【讨论】：

【解决方案2】：

你应该使用collections.defaultdict，也应该使用with open(...)：

from collections import defaultdict

files = defaultdict(dict)
for filename in sys.argv[1:]:
    with open(filename) as f:
        vcf_reader = vcf.Reader(f)
        for record in vcf_reader:
            files[filename][record.POS] = record.REF, record.ALT

所有这些漂亮的 Python 技巧使代码更具可读性、更短，使用的中间临时变量更少。此外，使用with open() 可确保每个文件在读取后自动关闭。

此外，如您所见，您可以选择更好的变量名，同时也大大减少了代码行数。

【讨论】：

或者你可以使用一个列表。
当然。使用 defaultdict 的唯一优点是 OP 可以通过动态生成的键名而不是使用索引来访问其内容。
@juanpa.arrivillaga OP 似乎想要按名称访问，而不是需要跟踪索引。字典允许将字符串用作键，因此比列表更适合指示的需求。