knitr：当伴随某些其他绘图函数时，在循环中调用 ggplot2 函数不会绘图答案

【问题标题】：knitr: calling a ggplot2 function in a loop doesn't plot when accompanied by certain other plotting functionsknitr：当伴随某些其他绘图函数时，在循环中调用 ggplot2 函数不会绘图
【发布时间】：2013-03-19 03:49:14
【问题描述】：

我不确定这是一个真正的错误还是我遗漏了一些东西，但它就是这样。我有一个要循环调用的 ggplot 函数 (plot_data)。我已经将该函数包含在它自己的块中。在第一种情况下（标题为“works”的块），在循环中调用该函数可以正常工作，在这种情况下，plot_data 函数后跟一个条形图。然而，在第二种情况下，plot_data() 函数后跟一个热图，在这种情况下，热图奇怪地抑制了 plot_data 函数。无论是否围绕 plot_data 函数调用 plot() 或 print()，都会发生这种情况。

有没有办法让 ggplots 与 knitr 一起工作？一个函数调用到底是如何抑制前一个函数调用的输出的？

以下代码为我重现了错误：

[preamble omitted]
\begin{document}

<<setup, eval=TRUE, echo=FALSE, cache=FALSE>>=
plot_data <- function(data) {
    require(ggplot2)
    require(reshape)
    d.melt <- melt(data)
    ggplot(data=d.melt, aes(x=X2, y=value, group=X1, colour=X1)) + geom_line(size=.5) +
          scale_x_discrete("") +
          scale_y_continuous("Value")
    }
@

<<works, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))
    barplot(ind)
}
@

<<doesnt-work, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
    heatmap(data[ind,]  )
}
@

\end{document}

【问题讨论】：

这是一个长镜头，但par("ask")是真的吗？
每个块中的<<setup>> 是怎么回事（不是说它改变了问题）？为什么不在setup 中设置eval = TRUE，然后不打扰调用它？
sebastian-c: no par("ask") 计算结果为假。
mnel：我一直在尝试不同的方式来调用块代码。正如您建议的那样，按照通常的方式进行操作具有相同的效果。我将编辑源代码以反映这一点。
有趣；可能是一个错误；欢迎大家留言github.com/yihui/knitr/issues，以后我会看看的

标签： r ggplot2 knitr

【解决方案1】：

我认为您向knitr 提出了很多问题。在 R 中对齐基本图形和网格图形不是很容易和具有挑战性。我不知道 knitr 是如何使用（包乳胶 graphics）的，但我认为当你调用 heatmap 时，它在网格图的同一位置打印。

在调用基本图形之前添加plot.new 对我来说很好：

<<doesnt-work, fig.show='hold',out.width='.3\\linewidth'>>=
  set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:3) {
  ind <- sample(1:100, 10)
  print(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
  plot.new()
  heatmap(data[ind,]  )
 }
@

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为你的函数有错误，融化的变量已关闭。这对我有用：

library(ggplot2)
library(reshape2)
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:3) {
   ind <- sample(1:100, 10)

   d.melt <- melt(data[ind,])
   p<-ggplot(data=d.melt, aes(x=Var1, y=Var2, group=Var1, colour=Var1)) + 
      geom_line(size=.5) +
      scale_x_discrete("") +
      scale_y_continuous("Value")

   print(p)  
   plot.new()
   heatmap(data[ind,]  )
}

【讨论】：