用于为正态分布生成多个 QQ 图的循环答案

【问题标题】：loop for generating multiple QQ-plot for normal distribution用于为正态分布生成多个 QQ 图的循环
【发布时间】：2019-10-09 19:10:03
【问题描述】：

我有一个包含多个变量和数百个条目的数据集。数据框是这样的（简单）

> my_Data
# A tibble: 9 x 3
  Gene  Time  Expression
  <chr> <chr>      <dbl>
1 Gene1 W1         18.8 
2 Gene2 W1         13.9 
3 Gene3 W1         20.9 
4 Gene1 W2          9.29
5 Gene2 W2         10.9 
6 Gene3 W2         12.2 
7 Gene1 W3         13.8 
8 Gene2 W3         23.9 
9 Gene3 W3         17.4 
>

我需要测试每个变量组合的正态分布。我可以使用循环 qqnorm 来做到这一点，它可以完美地工作并生成我需要的图，但是所有图的主标题都是相同的（这里我使用了 main = "myTitle" ）并且在导出后我无法将每个图关联到哪个子集。

这是我的代码

attach(my_Data)
my_qq = list()
for (ids in unique(my_Data$Gene)){
  sub_Data = subset(x=my_Data, subset=Gene==ids)

  my_qq[[ids]] = qqnorm(sub_Data$Expression, main = "myTitle", pch=19) 
  qqline(sub_Data$Expression, col="red", lty =2, lwd = 3)
}

1) 无论如何，我的每一个情节都有不同的标题吗？ 2) 我可以将它们都保存为单独的图吗？

【问题讨论】：

考虑使用qqnorm(... , main = myTitle) 更改标题。例如main = paste0("ID = ", ids) 将生成指定每个 ID 的标题。
我试过了，还是不行。 my_qqplot = list() for (ids in unique(my_data$variable1)){ sub_my_qqplot = subset(x=my_qqplot, subset=variable1==ids) myTitle= paste0("ID = ", ids) my_qqplot[[ids]] = qqnorm(sub_my_qqplot2$value, pch=19, main = myTitle) qqline(sub_my_qqplot$value, col="red", lty =2, lwd = 3) }
如果您包含一个简单的reproducible example，其中包含可用于测试和验证可能解决方案的示例输入和所需输出，则更容易为您提供帮助。
我用一个例子更新了我的问题。

标签： r normal-distribution

【解决方案1】：

my_Data <- data.frame(Gene=rep(c("Gene1", "Gene2", "Gene3"), 3), 
                      Time=rep(c("W1", "W2", "W3"), each=3), 
                      Expression=c(18.8, 13.9, 20.9, 9.29, 10.9, 12.2, 13.8, 23.9, 17.4))

for (id in unique(my_Data$Gene)){
  sub_Data <- my_Data[which(my_Data$Gene == id), ]$Expression

  pdf(paste0(id, ".pdf"))
  qqnorm(sub_Data, main=paste("Gene =", id))
  qqline(sub_Data, col="red", lty =2, lwd = 3)
  dev.off()
}

pdf() 将您的图像保存到当前工作目录中。使用getwd() 进行检查。

【讨论】：

太棒了。完美运行。