基于QQ图生成数据框

Question

我正在生成观察到的与理论 p 值的 QQ 图。但是我想在原始数据框中添加一个参考线的向量作为包含 p 值向量的列，我还想添加一列观察到的和预期的 p 值。

#data frame with p-value column labeled p-vals)
PVAL<-runif(10000)
pvals<-as.data.frame(PVAL)

#sort the p-values in PVAL and take the negative log
observed <- sort(pvals$PVAL)
lobs <- -(log10(observed))

#generate expected pvalue vector
expected <- c(1:length(observed)) 
lexp <- -(log10(expected / (length(expected)+1)))

#generate QQ plot
#plot red reference line and observed vs expected pvalues
plot(c(0,7), c(0,7), col="red", lwd=3, type="l", xlab="Expected (-logP)", ylab="Observed (-logP)", xlim=c(0,7), ylim=c(0,7), las=1, xaxs="i", yaxs="i", bty="l")
points(lexp, lobs, pch=23, cex=.4, bg="black") 

绘图工作得很好，但是，我想要一个最终数据框，其中包含与 PVAL 对应的“观察到的”、“预期的”列和红色参考线值向量。

基本上我想要一个包含 4 列的新数据框，如下所示：

$new_pvals
PVAL    OBSERVED    EXPECTED    RED_REFERENCE_LINE

注意：PVAL 和 OBSERVED 列应该相同，因为其中一个只是另一个的排序版本。

有人可以帮忙吗？谢谢。 这是为了帮助我了解观察和预期中有多少点低于参考线中的某些值。

Answer 1

EDIT - 根据要求，计算 (x,x) 以下点的方法

getpoint<-function(obs,exp){
  ceiling(max(obs,exp))
}
df$nextpoint<-apply(df,1,FUN=function(x)getpoint(x["OBSERVED"],x["EXPECTED"]))
require(plyr) # for count function
count(df$nextpoint) # note e.g. nextpoint = 4 means points below 4,4

x freq
1 1 9000
2 2  900
3 3   90
4 4    9
5 6    1

因为你的参考线是成比例的，所以我认为如果RED_REFERENCE_LINE指的是Y值，则等于lobs，如果X，则等于lexp，不是吗？

请参阅下文以生成数据框并给出相同的图表。此外，一旦您生成了数据框，我认为您不需要 RED_REFERENCE_LINE 坐标 - 您可以使用：df<-df[df$OBSERVED<df$EXPECTED,] 选择“线”下方的点

#data frame with p-value column labeled p-vals)
PVAL<-runif(10000)
pvals<-as.data.frame(PVAL)

#sort the p-values in PVAL and take the negative log
observed <- sort(pvals$PVAL)
lobs <- -(log10(observed))

#generate expected pvalue vector
expected <- c(1:length(observed))
lexp <- -(log10(expected / (length(expected)+1)))

#generate QQ plot
#plot red reference line and observed vs expected pvalues
plot(c(0,7), c(0,7), col="red", lwd=3, type="l", xlab="Expected (-logP)", ylab="Observed (-logP)", xlim=c(0,7), ylim=c(0,7), las=1, xaxs="i", yaxs="i", bty="l")
points(lexp, lobs, pch=23, cex=.4, bg="black") 

###########################################################
### DATA FRAME CREATED AND PLOTTED HERE                 ###
###########################################################

df<-data.frame(PVAL=PVAL)
df$OBSERVED<-lobs
df$EXPECTED<-lexp
df$RED_REFERENCE_LINE_Y<-df$EXPECTED

plot(c(df$RED_REFERENCE_LINE_Y,7), c(df$RED_REFERENCE_LINE_Y,7), col="red", lwd=3, type="l", xlab="Expected (-logP)", ylab="Observed (-logP)", xlim=c(0,7), ylim=c(0,7), las=1, xaxs="i", yaxs="i", bty="l")
points(df$EXPECTED, df$OBSERVED, pch=23, cex=.4, bg="black")