【问题标题】:system function works on R and does not work on rstudio/shiny系统功能适用于 R,不适用于 rstudio/shiny
【发布时间】:2015-10-21 15:58:08
【问题描述】:

我正在运行 ubuntu,当我使用 R 命令行界面时,系统功能可以工作:

system("./script.sh")

但是当我在 rstudio 上做同样的事情时,我得到了消息:

./script.sh: line 3: program: command not found

第 3 行的程序在我的路径上,并且可以从命令行正常工作,我是否必须在 rstudio/shiny 上设置一些环境变量?

【问题讨论】:

    标签: shiny rstudio


    【解决方案1】:

    检查 Sys.getenv('PATH') 并在必要时检查 Sys.setenv('PATH') 或者您可以使用完整路径。

    请记住,闪亮的应用程序将具有相对于它们启动位置的路径。

    加法

    由于您正在运行 Ubuntu,您还可以尝试在 ~/.Renviron/etc/R/Renviron 中设置路径

    【讨论】:

    • 感谢@oskar,在 sh 脚本中使用“程序”的完整路径可以让 rstudio 找到它。但是“程序”有一个找不到的依赖项,我可以在某个变量上包含路径吗?
    • 你可以试试addResourcePathincludeScript 是你想要包含的包或脚本吗?
    • 用 python 编写的脚本。我不明白为什么我可以访问例如 system('pwd') 而不是我的脚本,我在哪里设置它以及为什么它可以在 R 命令行而不是 rstudio 上工作?
    • 你有这个问题是在Rstudio还是shiny?
    • 我认为在闪亮的 webroot 设置为应用程序启动的目录
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