`cv.glmnet` 适用于 RStudio 但不适用于 RScript答案

【问题标题】：`cv.glmnet` works in RStudio but not RScript`cv.glmnet` 适用于 RStudio 但不适用于 RScript
【发布时间】：2015-12-15 16:47:52
【问题描述】：

以下命令在 RStudio 中可以正常工作，但在 RScript 中不能：

require(glmnet)
calibdata = read.csv("calibrationfile.csv")

xs = model.matrix(as.formula("targetvar~predictor1+predictor2)),calibdata)[,-1] # -1 discards intercept constant, glmnet has its own
ys = as.numeric(unlist(calibdata["targetvar"]))
fit=cv.glmnet(xs,ys)

来自 RScript 的错误消息：

Error in is(x, "CsparseMatrix") : could not find function "new"
Calls: cv.glmnet -> glmnet -> elnet -> getcoef -> drop0 -> is
Execution halted

R 版本在这两种情况下都是 3.2.3，glmnet 版本是 2.0-2。

如何让 glmnet 在 RScript 中工作？

【问题讨论】：

是否应该将其迁移到 Stack Overflow？它似乎不是这里的主题，所以我认为不应该重新打开它，但我想知道它是否会从迁移中受益。

标签： r

【解决方案1】：

RScript 具有不为您加载（基本包）方法的“可爱”功能。

所以你只需要一个额外的

  require(methods)

或

  suppressMessages(library(methods))

不管怎样，Jeff Horner 和我为 R 编写的 littler 命令行和脚本前端默认为您加载方法...

【讨论】：

我遇到了完全相同的问题。脚本正常运行，直到我对系统内核进行了更新。现在工作正常。谢谢德克。

【解决方案2】：

我遇到了同样的问题，发现了两种可能的解决方法（只是为了补充@Dirk Eddelbuettel 的答案）：

好吧，我在某处读到需要将 --default-packages=methods,utils 传递给 Rscript 以解决此问题：https://github.com/stan-dev/rstan/issues/190

或者，

另外，Rscript 似乎缺少methods 包的负载。这也可以通过在脚本开头调用library('methods') 来解决：https://github.com/dhimmel/elevcan/issues/1。

希望这会有所帮助。

【讨论】：