有没有办法制作一个包含所有点的维恩图？答案

【问题标题】：Is there a way to make a Venn diagram with all the points inside?有没有办法制作一个包含所有点的维恩图？
【发布时间】：2017-06-07 01:35:04
【问题描述】：

我想出了一个方法来完成这个，但它需要大量的猜测，所有的维恩图或欧拉图包似乎只允许你将出现的总数放在圆圈内。

数据：

name=c('itm1','itm2','itm3','itm4','itm5','itm6','itm7','itm8','itm9','itm0')
x=c(5,2,3,5,6,7,7,8,9,2)
y=c(6,9,9,7,6,5,2,3,2,4)
z=data.frame(name,x,y)

绘制点并标记它们：

plot(z$x,z$y,type='n')
text(z$x,z$y,z$name)

手动将圆圈放在点上：

par(new=T)
symbols(3,7,circles=2.5,add=T,bg='#34692499',inches=F)
symbols(6,6,circles=1.5,add=T,bg='#64392499',inches=F)
symbols(8,3,circles=2,add=T,bg='#24399499',inches=F)

所以这是一个非常繁琐的过程，需要给每个项目一个 x 和 y 坐标，然后猜测圆圈的位置和半径。

理想情况下，我想使用我最初拥有的数据集，如下所示：

cat1=c('itm2','itm3','itm0')
cat2=c('itm1','itm4','itm5','itm6')
cat3=c('itm6','itm7','itm8','itm9')

然后将点分配到正确的圆圈中。有更好的方法吗？

【问题讨论】：

所以绘制点的 x 和 y 值对您来说无关紧要吗？你是如何确定圆圈大小的？
我只是手动放置它们在情节和来源之间来回移动。 x 和 y 值无关紧要，只要在同一个圆圈中的值聚集在一起即可。在我绘制了这些点之后，我以同样乏味的方式制作了圆圈，查看圆圈是否包含应该在其中的点，如果没有，我相应地更改它的坐标和大小。然后我再次移动了一些点，使它们看起来更好。对于 10 个项目的样本，这不是什么大问题，但我的数据有更多，我相信其他人也有更大的数据集。
放置点时是否要确认重叠区域（=> 项目 6 必须在 cat3 和 cat2 的重叠区域中）？在这种情况下，您可能想要合并 R 的空间包。
@lukeA 很抱歉回复晚了，正忙于工作。感谢您将我指向空间方向，但我需要有坐标或将每个项目与一个类别相关联。据我所知，没有空间包或 GIS 允许一个点存在于两个多边形的边界内。但是，您让我以不同的方式想到这一点，我决定使用 igraph 包将项目放置在它们应该在的位置，然后我只需要在它们上面画圆圈或椭圆。不完美，但比我以前的更好。
也许有用stackoverflow.com/questions/25019794/…

标签： r venn-diagram

【解决方案1】：

我的感觉，基于线程讨论是推荐使用UnSetR R 包？

好的，为什么？

我个人的感觉是，如果我们有超过 5 或 7 个组，维恩图方法就会失效。有关此上下文中可用的各种选项的概述，我建议您查看：

信息工程组网页
- Resources on Set Visualization

我认为另一个有用的网站是：

Venn Diagrams on R Studio

它们一起很好地覆盖了可用的选项。

因此，我的感觉是，如果集合的数量超过一个微不足道的阈值，那么这里的核心挑战是集合交集数量的组合爆炸。那么如何解决呢？

建议解决方案UnSet

嗯，UnSet 专注于创建数据关系的任务驱动聚合视图，它传达聚合和交叉点的大小和属性。至少对我来说，这似乎是一个更好的方法——这是一个建议。

这至少是另一种方法 - 我希望它有所帮助。

未设置参考资料：

取消设置概述http://caleydo.org/tools/upset/
闪亮的应用程序：https://gehlenborglab.shinyapps.io/upsetr/
R 包源代码：https://github.com/hms-dbmi/UpSetR
与备用选项有关的进一步阅读：http://www.cvast.tuwien.ac.at/SetViz

UnSetR 小插曲

目前有四个小插曲解释了如何使用 UpSetR 包中包含的功能：

取消设置电影数据集示例 1

if (!require(UpSetR)) install.packages("UpSetR")

movies <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), 
                   header = T, sep = ";")

upset(movies, nsets = 6, number.angles = 30, point.size = 3.5, line.size = 2, 
      mainbar.y.label = "Genre Intersections", sets.x.label = "Movies Per Genre", 
      text.scale = c(1.3, 1.3, 1, 1, 2, 0.75))

取消设置电影数据集示例 2

upset(movies, sets = c("Action", "Adventure", "Comedy", "Drama", "Mystery", 
                       "Thriller", "Romance", "War", "Western"), mb.ratio = c(0.55, 0.45), order.by = "freq")

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您不介意手动执行此操作，可以使用locator 大大加快此过程：

points <- locator(2)
# click first at the circle centre, then somewhere on the circle edge
symbols(points$x[1], points$y[1], 
  circles = sqrt(sum(points$x - points$y)^2), 
  add = TRUE, bg = alpha('orange', .2), inches = F)

【讨论】：