使用 VennDiagram 包在 R 中缩放三重维恩图答案

【问题标题】：scaling triple Venn diagram in R with VennDiagram package使用 VennDiagram 包在 R 中缩放三重维恩图
【发布时间】：2012-07-30 18:05:53
【问题描述】：

有谁知道如何让 R 包 VennDiagram 根据集合大小缩放包含 3 个相交集的维恩图的圆圈？

我可以使用 venneular 包实现这种缩放，但与 VennDiagram 相比，我发现在其他图形选项方面这有点受限。

VennDiagram 包文档建议将参数 'scaled' 设置为 TRUE 应该可以解决问题，但我发现这会产生 3 个大小相等的圆圈。

包文档确实暗示缩放参数可能仅适用于某些图表：

?draw.triple.venn

揭示：

缩放： "布尔值，指示是否根据设置的大小在某些欧拉图中缩放圆的大小"

和

?venn.diagram

#Argument Venn Sizes    Class    Description
#scaled    2, 3         logical  Enable scaling for two-set and certain three-set Euler diagrams.

我的代码的玩具示例：

require(VennDiagram)

venn.plot <- draw.triple.venn(
    area1 = 70,
    area2 = 250,
    area3 = 500,
    n12 = 30,
    n23 = 60,
    n13 = 10,
    n123 = 5,
    category = c("C1", "C2", "C3"),
    fill = c("blue", "red", "green"),
    scaled=TRUE)

tiff(filename = "test.tiff", compression = "none",type = "quartz",antialias = "none")
grid.draw(venn.plot)
dev.off()

同样，使用“venn.diagram”函数的这段代码不会产生所需的缩放：

venn.diagram(x=list(A=c(1:15,16:20), B=c(6:15,21:30,100:150), C=c(11:30,200:300)),
         filename="test.tiff",
         fill = c("blue", "yellow", "red"), scaled=TRUE)

非常感谢

吉姆

【问题讨论】：

标签： r venn-diagram

【解决方案1】：

所以回答我自己的问题：对于某些配置，在数学上不可能创建一个使用圆圈缩放 3 向维恩。

【讨论】：

在 Biostars 上有一个类似的帖子说这是不可能的。有了省略号，这是可能的。你找到使用 R 绘制它的方法了吗？

【解决方案2】：

三组维恩图的一般缩放因数据的潜在误导性视觉表示而被禁用

请尝试使用以下两个工具，

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

对于您的问题，请阅读以下注意事项：

关键是在draw.triple.venn中设置overrideTriple

如果 euler.d == TRUE，则为 19 种特殊情况绘制欧拉图。某些欧拉图在适当的情况下使用特定于两组维恩图的缩放、sep.dist 或偏移参数。该函数默认将三个圆圈以三角形排列，顶部两组，下面一组。圆圈以顺时针方向对应于 area1、area2 和 area3，area1 在左上角。注意由于数据的潜在误导性视觉表示，三组维恩图的一般缩放被禁用。要重新启用，请将任何值分配给变量 overrideTriple

http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

【讨论】：

我试过设置这个变量，但它不起作用。我运行了原始问题中的示例，使用和不使用 overrideTriple（我将其设置为 TRUE）并且输出是相同的。
诀窍是如何设置 'overrideTriple=T' 变量......即在 'draw.triple.venn' 调用之前 - 请参阅@atongsa 的回答。顺便说一句，这似乎也适用于 {VennDiagram} 包中更通用的“venn.diagram”调用。
嗯？？不缩放圆圈似乎更具误导性。无论如何，谢谢你的提示。

【解决方案3】：

我的解决方案：

overrideTriple=T
draw.triple.venn(9, 20, 30, 2, 10, 3, 2, category =
               rep("", 3), rotation = 1, reverse = FALSE, euler.d = F, scaled = F)

【讨论】：

这为我解决了！诀窍是如何设置“overrideTriple=T”变量……即在“draw.triple.venn”调用之前。顺便说一句，这似乎也适用于 {VennDiagram} 包中更通用的“venn.diagram”调用。

【解决方案4】：

我改用Vennerable。将数据读入维恩对象有点复杂，但它会生成加权/缩放的三组图表 + 图形选项。

【讨论】：

【解决方案5】：

如果您考虑采用不同的方法，我们开发了具有其他形状的 nVennR 包来传达区域大小。

mySVG <- plotVenn(list(A=c(1:15,16:20)), list(B=c(6:15,21:30,100:150)), list(C=c(11:30,200:300)))

Quasi-proportional Venn diagram

这个R包是初步的，输出控制的选项非常有限。我们正在根据收到的反馈开发一个新版本。还有一个Web version 有更多选项，并且输出总是可以用 Inkscape 等外部工具进行编辑。

【讨论】：