使用 R-markdown knitr hooks 自定义 HTML 报告中的表格格式

Question

我正在尝试设置一个knitr::knit_hooks()，以便在我的 HTML 报告中使用kableExtra 自动格式化 R-markdown 块的数据框输出。

我不想在每个列表数据块的末尾重复添加以下行（或任何行）：

head(iris) %>%
  kable("html") %>%
  kable_styling("hover", full_width = FALSE)

我想出了一个基于this answer 的解决方案，它通过评估块source 来工作（请参阅我的answer below，其中包括我在使用这种方法时遇到的一些问题）；我希望使用块 output 可能会有更好的解决方案。

这是一个示例 .Rmd，其中概述了我想要实现的目标。

---
title: "Untitled"
author: "Paul"
date: "25 September 2018"
output: html_document
---

```{r setup, include = F}

library(dplyr)
library(kableExtra)
library(knitr)

data(iris)

default_source_hook <- knit_hooks$get('source')

knit_hooks$set(
  output = function(x, options) {
    x %>%
      kable("html") %>%
      kable_styling("hover", full_width = FALSE)
  },
  source = function(x, options) {
    if(is.null(options$table))
      default_source_hook(x, options)
    else {
      eval(parse(text = x)) %>%
        kable("html") %>%
        kable_styling("hover", full_width = F)
    }}
)


```

Desired chunk input:

```{r test, echo = F}
head(iris)

```

Desired output will look like:

```{r output, echo = F}
head(iris) %>%
  kable("html") %>%
  kable_styling("hover", full_width = FALSE)

```

Solution using the source chunk output:

```{r table_format, results = "hide", table = T, eval = F}
head(iris)

```

谢谢。

Answer 1

如果不需要使用针织钩，以下可能会有所帮助。这个想法是只定义一个函数，它可以按照你想要的方式打印它得到的任何东西。这并没有消除所有的打字，而是大大减少了打字。

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title: "Untitled"
author: "Paul"
date: "25 September 2018"
output: html_document
---

```{r setup, include = F}

library(dplyr)
library(kableExtra)
library(knitr)

tbl_out <- function(data) {
  data %>% kable("html") %>% kable_styling("hover", full_width = FALSE)
}
```

Prints as desired:

```{r test, echo = F}
head(iris) %>% tbl_out()
```

输出：

Answer 2

我通过使用knit_hooks() source 作为格式化的块输出找到了解决方法。

格式化块输出的难点在于字符数据传递给钩子。从 OP 中的链接答案中汲取灵感，我通过评估 knit_hooks() 中的块 source 找到了解决方案。

此解决方案重新评估块并通过管道传输到所需的KableExtra 格式。

我需要添加一个新的块选项table = T，以便格式化只应用于生成数据表的源代码；还需要results = "hide"，因此报告中不包含默认块输出。

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title: "Untitled"
author: "Paul"
date: "27 September 2018"
output: html_document
---

```{r setup, include = F}

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(kableExtra)
library(knitr)

default_source_hook <- knit_hooks$get('source')

knit_hooks$set(
  source = function(x, options) {
    if(is.null(options$table))
      default_source_hook(x, options)
    else {
      eval(parse(text = x)) %>%
        kable("html") %>%
        kable_styling("hover", full_width = F)
    }

  }
)

data(iris)

```

## Normal
With no chunk options:

```{r normal}
head(iris)

```

## The desired ouptut
With chunk options `results = "hide"` and `table = T`:

```{r table_format, results = "hide", table = T, eval = F}
head(iris)

```

## It still work as normal for other other output types
With no chunk options:

```{r image}
iris %>%
  ggplot(aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, group = Species)) +
  geom_point()

```

此解决方案存在一些问题

1. 用于生成表格的代码现在不可用
2. eval = F 应该包括在内 - 特别是如果代码需要一段时间才能运行（因为它再次在钩子中进行评估）
3. 我将 2 行代码替换为 3 个块选项 - 虽然不是交易杀手，但它并不像我希望的那样自动。