自定义自动 R Markdown 报告答案

【问题标题】：Customize Automated R Markdown Reports自定义自动 R Markdown 报告
【发布时间】：2019-12-24 01:39:24
【问题描述】：

我正在尝试使用 RMarkdown 通过培训中心创建自动健身测试报告。我正在使用相同的数据框结构和类似的代码构建我在主题 here 上提出的上一个问题。

我想基于 hub 稍微定制每个 RMarkdown 报告，同时仍然允许它成为一个自动化过程（即 1 个脚本 + 1 个 .rmd）。例如，所有集线器都有大跳图，但对于 A，我想要一个大跳图和一个 10m 冲刺图。

我曾尝试在 YAML 和渲染函数中使用参数，但到目前为止还没有运气。

样本数据

         Date  Athlete       Test    Average Hub
1  2019-06-03    Athlete1 Broad_Jump 175.000000 A
2  2019-06-10    Athlete1 Broad_Jump 187.000000 A
3  2019-06-10    Athlete2 Broad_Jump 200.666667 B
4  2019-06-10 Athlete3 10m_Sprint   1.831333 B
5  2019-06-10    Athlete2 10m_Sprint   2.026667 B
6  2019-06-17    Athlete1 Broad_Jump 191.500000 A
7  2019-06-17    Athlete2 Broad_Jump 200.666667 B
8  2019-06-17 Athlete3 10m_Sprint   1.803667 B
9  2019-06-17    Athlete2 10m_Sprint   2.090000 B
10 2019-06-24    Athlete1 Broad_Jump 192.000000 A

R 脚本

library(rmarkdown)
library(knitr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

WT <- read.csv("WT.csv")

WT_10m <- WT %>%
  filter(Test == "10m_Sprint") %>%
  select(Date, Athlete, Hub, Average)

plot2 <- ggplot(WT_10m, aes(x=Date, y=Average))+
  geom_point()

for (hub in unique(WT$Hub)){
  subgroup <- subset(WT, Hub == hub)
  render(
    input = "Hub_Test.rmd",
    params = list("plot2"=plot2),
    output_file = paste0('report.', hub, '.pdf'))

.Rmd 文件

---
title: "WT Monitoring: Hub"
output: pdf_document
params:
  plot2: plot2
  hub:
    label: "hub"
    value: A
    choices: [A, B]
---


```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

library(rmarkdown)
library(knitr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

WT <- read.csv("WT.csv")

subgroup <- subset(WT, Hub == hub)

subgroup_Broad <- subgroup %>%
  filter(Test == "Broad_Jump") %>%
  select(Date, Athlete, Hub, Average)


ggplot(subgroup_Broad, aes(x=Date, y= Average)) +
  geom_point()


params$plot2

我不确定是否使用参数、渲染文件或其他方法来完成此任务。有几个集线器和测试，所以我尽量避免为每个集线器使用单独的 Rmarkdown 模板。

【问题讨论】：

标签： r automation report r-markdown render

【解决方案1】：

所以我不知道这是否是最有效的解决方案（可能不是）。此外，我还不清楚你想要运行什么代码，所以在下面你会发现一些一般性的东西，你必须根据你的具体情况进行一些调整。

如果我理解正确，您希望使用稍微不同的设置至少运行两次降价。我要做的确实是使用参数并创建一个指定渲染的函数。我认为你几乎是对的，但我不确定你的标签、价值和选择部分。所以这就是我要改变的事情。

因此，在降价中，您需要使用默认设置指定参数（我还包括标题，因为我认为每个报告都应该有自己的标题）。我在这里假设你想要一个 html 文档，但你当然可以调整它

author: "Author"
date: "Dec 24, 2019"
params: 
    hub: "B"
    title: "Some basic title"
output: html_document

在指定作者、日期、参数和输出后，您应该输入的第一件事是：

---
title: `r params$title`
---

需要包含破折号。这将为您的文档提供您想要的特定标题。在此之后，你可以对代码做任何你想做的事情，直到你达到你想要包含 plot2（sprint 图）的点。我会做类似的事情：

if(params$hub == "A"){
YOUR PLOT CODE FOR PLOT 2
}

因此，仅当集线器的参数为 A 时才会运行该图（或者如果您实际上想要它的倍数而不是使用 %in% c("A","") ）。如果需要，您可以在此之后添加更多代码。

比在脚本中你可以使用渲染函数来改变参数。我把它放在我自己的函数中：同样，如果需要，您可以更改函数的名称，并确保检查 .html 是否与您的降价文档输出匹配。我使用这个用户定义的函数，所以我可以通过渲染运行多个输入并获得不同的输出。

render_html_fun <- function(hub_in){
  rmarkdown::render('FILE LOCATION WHERE YOU SAVE THE RMD FILE.Rmd',
                    output_file = paste0('SOME TITLE', hub_in, "_", Sys.Date(), '.html'),
                    params = list(hub = hub_in,
                                  title = paste0("SOME BASIC TITLE", hub_in)))
}

所以基本上你的针织文档的标题将与基本标题+中心一起保存，这样你就可以事先知道你正在打开哪个文件。所以接下来在你的 scipt 中要做的就是将你的集线器一个一个地放入函数中。因此，您将分别获得每个中心的文档。

hubs_input <- c("B", "A")
library(purrr)
walk(hubs_input, render_html_fun)

就我个人而言，我使用 c() 函数并手动指定尺寸，以便

1 您不必加载数据两次（一次在脚本中，一次在降价中），尤其是当您的数据很大时，不建议加载两次数据

2 如果您不想，您可以选择不运行特定级别的脚本。

当然，如果您愿意，您也可以将 c() 部分替换为您的 unique(WT$Hub) 部分。

编辑：我还发现website 非常有用。

【讨论】：