rstudio 挂起并使用 rmarkdown 循环中止

Question

我有几个数据集，每个数据集都有一个共同的分组因素。我想为每个分组因素生成一个包含单独部分的大型报告。因此，我想为分组因子的每次迭代重新运行一组rmarkdown 代码。

使用here 的以下方法对我不起作用。即：

---
title: "Untitled"
author: "Author"
output: html_document
---


```{r, results='asis'}
for (i in 1:2){
cat('\n')  
cat("#This is a heading for ", i, "\n") 
hist(cars[,i])
cat('\n') 
}
```

因为我想在每个分组因素上运行的降价并不容易适合一个代码块。报告必须按分组因子排序，我希望能够在分组因子的每次迭代中进出代码块。

所以我去调用 Rmd. 并使用 Rscript 中的循环为每个分组因子进行渲染，如发现 here:

# run a markdown file to summarise each one.
for(each_group in the_groups){
render("/Users/path/xx.Rmd",
       output_format = "pdf_document",
       output_file =  paste0(each_group,"_report_", Sys.Date(),".pdf"), 
       output_dir = "/Users/path/folder")
}

我的计划是然后将各个报告与pdftk 合并。但是，当我进行第 5 次迭代时，我的 Rstudio 会话挂起并最终因致命错误而中止。我已经单独运行了Rmd.，以了解它停止工作的分组因素。

我用以下简单的测试文件测试了一些循环：

.R

# load packages
library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)

# use first 5 rows of mtcars as example data
mtcars <- mtcars[1:5,]


# for each type of car in the data create a report
# these reports are saved in output_dir with the name specified by output_file
for (car in rep(unique(rownames(mtcars)), 100)){
  # for pdf reports  
  rmarkdown::render(input = "/Users/xx/Desktop/2.Rmd", 
                    output_format = "pdf_document",
                    output_file = paste("test_report_", car, Sys.Date(), ".pdf", sep=''),
                    output_dir = "/Users/xx/Desktop")

} 

.Rmd

```{r, include = FALSE}
# packages
library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
```

```{r}
# limit data to car name that is currently specified by the loop  
cars <- mtcars[rownames(mtcars)==car,]

# create example data for each car 
x <- sample(1:10, 1)
cars <- do.call("rbind", replicate(x, cars, simplify = FALSE))

# create hypotheical lat and lon for each row in cars 
cars$lat <- sapply(rownames(cars), function(x) round(runif(1, 30, 46), 3))
cars$lon <- sapply(rownames(cars), function(x) round(runif(1, -115, -80),3))

cars
```

Today is `r Sys.Date()`.

```{r}
# data table of cars sold 
table <- xtable(cars[,c(1:2, 12:13)])
print(table, type="latex", comment = FALSE)
```

这很好用。因此，我还查看了在Rmd. 上运行我的实际循环时的内存压力，它变得非常高。

• 有没有办法在循环调用 Rmd. 文件时减少内存？
• 有没有比循环调用 Rmd. 文件更好的方法来为多个分组因素创建报告，该文件不依赖于整个循环位于一个代码块中？

Answer 1

在这里找到解决方案rmarkdown::render() in a loop - cannot allocate vector of size

knitr::knit_meta(class=NULL, clean = TRUE)

在渲染线之前使用这条线，它似乎可以工作

Answer 2

我现在正在处理同样的问题，这非常令人困惑。我尝试创建一些简单的 MWE，但它们有时会成功循环。到目前为止，我已经尝试过

1. 检查 rmarkdown::render 迭代之间的垃圾收集。 （他们没有透露任何特殊的积累。）
2. 删除所有无关的对象
3. 手动删除所有缓存文件

这是我的问题：

我们如何调试挂起？我们是否应该设置特殊的日志文件来了解问题所在？