RStudio 1.1.383 和 rmarkdown 1.7 环境继承答案

【问题标题】：RStudio 1.1.383 and rmarkdown 1.7 environment enheritanceRStudio 1.1.383 和 rmarkdown 1.7 环境继承
【发布时间】：2017-11-14 11:18:42
【问题描述】：

在 Windows 7 64 位上，我最近更新到 RStudio 1.1.383 和 rmarkdown 1.7。当我使用 render 从 Rmd 文件生成 pdf 时，我注意到了一种新行为。

全球环境和针织环境之间存在泄漏，这是双向的：
如果我在.Rmd文件中定义x = 12，渲染完成后我会在全局环境中找到x。
如果我在 .Rmd 中使用未定义变量 y 并在使用 render 之前在全局环境中设置 y=1000 则 y 用于 .Rmd 的编织
如果我从 RStudio 编织，则不会发生泄漏，即使在全局环境中定义了 y，编织 .Rmd 也会出错（未找到）。

有谁知道这是为什么？我相信分离环境对于确保可重复性非常重要，即使有时做对会很痛苦。

这是我的sessionInfo()：

> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rmarkdown_1.7

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.4.2  backports_1.1.1 magrittr_1.5    rprojroot_1.2   htmltools_0.3.6 tools_3.4.2     yaml_2.1.14     Rcpp_0.12.13   
 [9] stringi_1.1.5   knitr_1.17      stringr_1.2.0   digest_0.6.12   evaluate_0.10.1

这是最小的“test render.R”文件：

library(rmarkdown)
y=1000
render(input = "test render.Rmd")

这是最小的“test render.Rmd”文件：

---
title: "test render"
author: "Courvoisier"
output: pdf_document
---

## R Markdown

```{r cars}
x = 12
print(y)
```

这是 pdf 结果：

【问题讨论】：

这对community.rstudio.com来说可能是一个更好的问题。
没错，但他们建议先把它放在这里
如果有帮助的话，我相信rmarkdown 1.7 昨天发布了，并且相对于 1.6 和 1.5 有很多变化。
啊，谢谢。我以为是八月份（github上的发布版）。我猜它昨天才在 CRAN 上播出。
@lmo StackOverflow 完全没问题，我个人强烈推荐 StackOverflow 进行问答。作为 rmarkdown 包的维护者，我很少阅读 community.rstudio.com 上的帖子（我只是没有时间），但我阅读了 StackOverflow 上的每一篇帖子。我们不建议用户在两个站点之间来回移动，除非 SO 上的问题显然不适合作为问题。

标签： r rstudio knitr r-markdown

【解决方案1】：

据我所知，这种行为从第一天起就一直存在。下面是证明它的方法。首先安装 rmarkdown from the CRAN archive:

的第一个版本 (0.3.3)

devtools::install_version('rmarkdown', '0.3.3')

然后运行你的例子：

library(rmarkdown)
y = 1000
render(input = "test render.Rmd")

您会看到 y 已打印（如我所料）：

这种行为是设计使然，我不知道您为什么会感到惊讶。在 R 中，全局变量可以从任何地方访问（根据定义）。您在全局环境中定义了y，并且您应该期望它也可以在 R Markdown 文档中访问。

R Markdown 文档是在render() 的环境parent.frame() 中编译的，所有变量都会在这个环境中创建。在您的情况下，parent.frame() 是全局环境（即globalenv()），这就解释了为什么在全局环境中创建了x。

当您单击 RStudio 中的 Knit 按钮时，情况有所不同，因为文档是在单独的新（干净）R 会话中编译的。您在当前 R 会话中定义的变量 y 将不可用于新的 R 会话。同样，x 将在新会话中创建，而不是在您当前的 R 会话中。可重复性正是我们选择在新的 R 会话而不是当前的 R 会话中编译 R Markdown 文档的原因。如果文档在新的 R 会话中工作，它更有可能是可重现的。如果它在您当前的 R 会话中有效（通过rmarkdown::render()），它可能只是偶然有效。

如果您必须在单独的环境中评估代码块，则需要显式使用参数envir，例如

render(input = "test.Rmd", envir = new.env())

这样，x 将不会在您的全局环境中创建，但 y 将可用于代码块（同样，通过全局变量的定义）。

总而言之，如果您真的关心可重复性（就像我们一样），有一种简单的方法，也有一种稍微困难的方法。简单的方法是单击 RStudio 中的 Knit 按钮，更难的方法是自己在单独的 R 会话中渲染文档，例如通过命令行

Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')"

【讨论】：